Các bị can bị khởi tố để điều tra về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” theo khoản 3 Điều 219 Bộ luật Hình sự 2015 gồm: Dương Tuấn Minh, nguyên Tổng Giám đốc; Dương Thị Trâm Anh, nguyên Phó Tổng Giám đốc và Nguyễn Thu Trang, nguyên Phó Phòng Đầu tư và Quản lý đấu thầu Tổng Công ty Cửu Long
Các bị can bị khởi tố để điều tra về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” theo khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự 2015 gồm:  Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng và Đinh Thị Chung, nhân viên Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh
Đồng thời các bị can Đinh Ngọc Hệ, Phạm Văn Diệt, Giám đốc điều hành và Vũ Thị Hoan, Tổng Giám đốc Công ty Yên Khánh cũng bị khởi tố để điều tra về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” theo khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự 2015. Hiện, 3 bị can đang bị tạm giam trong vụ án khác.
Các bị can  bị khởi tố trong quá trình điều tra mở rộng vụ án “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”; “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí”, xảy ra tại Công ty Yên Khánh, Tổng công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Theo kết quả điều tra ban đầu, tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương là tuyến cao tốc đầu tiên ở phía Nam, dài 62 km, thi công từ năm 2004 và đưa vào sử dụng năm 2010. Năm 2012, tuyến cao tốc này bắt đầu thu phí để hoàn vốn khoản 9.880 tỷ đồng Nhà nước đã ứng trước.
Để có ngay ngân sách đầu tư cho các dự án giao thông khác, từ đề xuất của chủ đầu tư dự án là Ban quản lý dự án Mỹ Thuận (nay là Tổng công ty đầu tư phát triển và quản lý hạ tầng giao thông Cửu Long), Chính phủ chấp thuận cho chủ đầu tư mở thầu đấu giá thu phí tuyến cao tốc này.
Công ty Yên Khánh sau đó đã trúng đấu giá 2.004 tỷ đồng và được quyền thu phí từ 1/1/2014 đến 31/12/2018.
Theo hợp đồng, Công ty Yên Khánh phải thanh toán 2.004 tỉ đồng trong 3 đợt diễn ra trước tháng 11/2014. Tuy nhiên, phải sau 15 đợt và đến 31/3/2017, phía Yên Khánh mới hoàn tất việc thanh toán.
Khi Tổng cục Đường bộ tiếp quản lại tuyến cao tốc này từ ngày 1/1/2019 , Bộ Công an đã xác lập chuyên án đấu tranh với hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái phép của Công ty Yên Khánh chi nhánh Long An để che giấu doanh số thu phí, trốn thuế ở các trạm thu phí trên cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Cơ quan điều tra đã xác định được Đinh Ngọc Hệ là chủ của Công ty Yên Khánh. Công ty này không có góp vốn, không có cơ cấu và bộ máy tổ chức, không có nhân lực, không có năng lực chuyên môn và năng lực tài chính, kinh nghiệm trong hoạt động kinh doanh nhưng vẫn ký hợp đồng liên danh để phục vụ cho mục đích cá nhân kiếm lời.
Quá trình mở rộng điều tra, Bộ Công an đã phát hiện hàng loạt sai đối với dàn lãnh đạo Công ty Yên Khánh và lãnh đạo Tổng công ty đầu tư phát triển và quản lý hạ tầng giao thông Cửu Long.
Trước đó, VKSND tối cao cũng  đã ra quyết định bắt khẩn cấp và khám xét đối với Ngô Bá Thắng (Giám đốc chi nhánh Long An thuộc Công ty Yên Khánh) vì che giấu doanh số thu phí, trốn thuế xảy ra tại các trạm thu phí trên tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Cùng bị bắt với Thắng còn có Trần Văn Miền (Phó giám đốc chi nhánh Long An thuộc Công ty Yên Khánh, Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm), Tô Phước Hùng (kế toán trưởng), Nguyễn Thị Kim Huệ (kế toán Công ty Yên Khánh) và Nguyễn Văn Hiền (Giám đốc Công ty TNHH Xuân Phi).
Quá trình khám xét nơi ở, làm việc của các bị can, cơ quan điều tra đã thu giữ một số tài liệu, chứng cứ về hành vi trốn thuế gây thất thu cho ngân sách nhà nước.
Công ty Yên Khánh được thành lập từ năm 2005 do Vũ Thị Hoan, cháu gái của Đinh Ngọc Hệ đứng tên. Công ty này có vốn điều lệ đăng ký là 1.800 tỉ đồng.
Trong những năm qua, Công ty Yên Khánh đã liên danh với nhiều công ty khác để làm chủ đầu tư hàng loạt dự án BT, BOT trên nhiều địa phương trong cả nước. Công ty Yên Khánh còn được Bộ Giao thông vận tải chỉ định làm nhà thầu thu phí cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình.
Vũ Thị Hoan cũng bị Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng khởi tố, bắt tạm giam về tội vi phạm các quy định về quản lý đất đai.
Công ty Thái Sơn Bộ Q.P và Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh là đối tác khăng khít trong hàng loạt dự án BOT cầu Hạc Trì, Trung Lương - Mỹ Thuận...

Bi can Đinh Ngọc Hệ đã bị Tòa án Quân sự T.Ư tuyên phạt 10 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ; 2 năm tù về tội Sử dụng tài liệu giả của cơ quan, tổ chức, buộc chấp hành hình phạt chung là 12 năm tù. Đầu năm 2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra (C01, Bộ Công an) mở rộng điều tra các sai phạm tại Công ty Cổ phần phát triển đầu tư Thái Sơn - Bộ Quốc phòng (ông Hệ làm Chủ tịch HĐQT), đã khởi tố ông Hệ về hành vi Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi, theo Điều 358 BLHS 2015.