QUÁ TRÌNH ĐẤU TRANH MỞ NƯỚC, DỰNG NƯỚC VÀ GIỮ NƯỚC CỦA DÂN TỘC VIỆT18/c

(ĐC sưu tầm trên NET)
 

Thời kỳ phân chia Nam Bắc lần thứ nhất (1533-1802)(tiếp)

Trong giai đoạn này, ở Việt Nam xuất hiện ba triều đại bao gồm: Nhà Mạc (1527 - 1677), Nhà Lê trung hưng (1533 - 1789) và Nhà Tây Sơn (1778 - 1802). Ngoài ra còn có 3 tập đoàn quân phiệt cát cứ gồm: Chúa Trịnh (1545-1787), Chúa Nguyễn (1558-1802) và Chúa Bầu (1527-1699). Đây là giai đoạn rối ren loạn lạc nhiễu nhương lộn xộn phức tạp nhất trong lịch sử Việt Nam.

Trịnh-Nguyễn phân tranh (1627-1672)

Trịnh-Nguyễn phân tranh

Bối cảnh

Năm 1527, Mạc Đăng Dung cướp ngôi nhà Hậu Lê lập ra nhà Mạc. Năm 1533, tướng cũ của nhà Lê là Nguyễn Kim lập con vua Lê Chiêu Tông lên ngôi, tức là Lê Trang Tông. Năm 1545, Nguyễn Kim bị sát hại, con rể là Trịnh Kiểm lên thay. Để nắm trọn binh quyền, Trịnh Kiểm đầu độc giết con cả của Nguyễn Kim là Nguyễn Uông. Em Uông là Hoàng lo sợ bị anh rể hại, nên nghe theo lời khuyên của Nguyễn Bỉnh Khiêm, xin vào trấn thủ Thuận Hóa. Trịnh Kiểm cho rằng đất ấy là nơi xa xôi, hoang vu nên đồng ý cho đi, nhằm mục đích mượn tay quân Mạc giết Hoàng. Tuy nhiên, không những đánh bại quân Mạc, Nguyễn Hoàng còn lấy được lòng dân Thuận Hóa.
Mải đối phó với nhà Mạc, Trịnh Kiểm cho Hoàng kiêm trấn thủ luôn Quảng Nam. Năm 1570, Trịnh Kiểm chết, con cả là Cối lên thay. Cối không màng chính sự, bị em là Trịnh Tùng đoạt quyền. Cối cùng đường đầu hàng nhà Mạc và chết già ở đất Bắc.
Trịnh Tùng nắm đại quyền, thao túng triều đình, giết vua Lê Anh Tông lập vua nhỏ là Thế Tông. Năm 1592 Trịnh Tùng đánh chiếm được Thăng Long, đuổi họ Mạc chạy lên Cao Bằng. Khi rước được vua Lê về kinh thành, Trịnh Tùng bắt đầu tính tới người cậu Nguyễn Hoàng phía nam.

Chiến tranh ngầm

Cuộc chiến Trịnh - Nguyễn thực sự diễn ra từ năm 1627 nhưng đó là chỉ tính về mặt quân sự. Nếu tính cả trên mặt trận ngoại giao, xung đột giữa hai bên đã nổ ra từ nhiều năm trước.

Nguyễn Hoàng trốn về nam

Năm 1593, Trịnh Tùng triệu Nguyễn Hoàng ra bắc với lý do để cùng đánh tàn dư họ Mạc còn tản mát ở Bắc bộ. Hoàng vâng lệnh mang quân ra bắc, phá tan quân Mạc ở Hà Trung và Sơn Nam, sau đó được Tùng giao trách nhiệm trấn giữ Sơn Nam.
Nguyễn Hoàng đóng quân ở Sơn Nam được 8 năm cố tìm cách thoát về nam. Năm 1600, nhân họ Mạc nổi dậy, Hoàng ngầm xúi giục các hàng tướng Mạc cũ là Phan Ngạn, Bùi Văn Khuê, Ngô Đình Nga nổi loạn để lấy cớ đi dẹp. Trịnh Tùng mải đối phó họ Mạc ở Cao Bằng, họ Vũ ở Tuyên Quang (tức Chúa Bầu) nên đồng ý cho Nguyễn Hoàng đi dẹp. Hoàng nhân cơ hội đó chạy thẳng ra biển đi thoát về nam.
Thấy Nguyễn Hoàng trốn thoát, Trịnh Tùng sai người cầm thư vào nam dụ ra lần nữa nhưng Hoàng không ra, sau đó lại bỏ không nộp thuế đều đặn cho miền bắc. Để xoa dịu tình hình, Hoàng gả con gái là Ngọc Tú cho con Tùng là Tráng (tức là cháu lấy cô).

"Ta không nhận sắc"

Năm 1613, Nguyễn Hoàng qua đời, người con trai thứ sáu là Nguyễn Phúc Nguyên lên thay, tức là Sãi vương (hay chúa Sãi). Năm 1623, Bình An Vương Trịnh Tùng qua đời, con là Trịnh Tráng lên thay, tức là Thanh Đô Vương.
Sử sách nhà Nguyễn chép rằng, năm 1627, lấy cớ Nguyễn Phúc Nguyên bỏ không nộp thuế cho vua Lê, Trịnh Tráng làm sắc đứng tên vua Lê gửi trách Nguyễn, đòi đích thân hoặc sai con tải thuế ra bắc. Theo kế của mưu sĩ Đào Duy Từ, Phúc Nguyên một mặt lo tăng cường phòng thủ, một mặt tìm cách trả lại sắc thư.
Vì lực lượng yếu không thể ra mặt trả sắc thư cho chúa Trịnh, chúa Nguyễn sai đúc mâm hai đáy, để sắc thư kèm theo một bài thơ do Đào Duy Từ viết, cho vào đáy dưới, bên trên để vàng bạc, rồi sai Văn Khuông mang ra bắc tạ với chúa Trịnh. Khuông dâng mâm lên chúa Trịnh rồi giả cách về công quán nghỉ, trốn luôn về nam. Phía Trịnh phát giác mâm hai đáy bèn mở ra, bên trong có tờ sắc thư và một bài thơ chữ Hán như sau:

矛而無腋
覔非見跡
愛落心腸
力來相敵

Âm Hán-Việt:

Mâu nhi vô dịch
Mịch phi kiến tích
Ái lạc tâm trường
Lực lai tương địch

Các bầy tôi dưới quyền chúa Trịnh không giải được nghĩa bài thơ. Mãi sau Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan mới giải được nghĩa rằng:

• Câu đầu ý là chữ "mâu" 矛 bỏ nét phẩy. Chữ "mâu" không có nét phẩy thì thành ra chữ "dư" 予, nghĩa là "ta, tôi".
• Câu thứ hai ý là chữ "mịch" 覔 bỏ chữ "kiến" 見. Chữ "mịch" sau khi bỏ chữ "kiến" thì còn lại chữ "bất" 不, nghĩa là "không".
• Câu thứ ba ý là chữ "ái" 愛 bỏ chữ "tâm" 心. Chữ "ái" không có chữ "tâm" thì thành ra chữ "thụ" (受), nghĩa là "nhận".
• Câu cuối ý là chữ "lai (來) ghép với chữ "lực" 來. Chữ "lai" đem ghép với chữ "lực" thì thành chữ "sắc" (勑).

Ẩn ý của bài thơ này là "dư bất thụ sắc" 予不受勑, nghĩa là "Ta không nhận sắc".
Theo sử sách nhà Nguyễn , sau khi hiểu được nghĩa bài thơ, nhận ra câu trả lời ngang ngạnh của Nguyễn Phúc Nguyên, Trịnh Tráng tức giận quyết định khởi đại binh vào nam. Tuy nhiên, các nhà nghiên cứu^[3] đều cho rằng điều này không phải là sự thật. Trên thực tế, người giải được bài thơ của Đào Duy Từ là Phùng Khắc Khoan đã mất từ năm 1613, trước đó 14 năm rồi. Không những thế, trong chính cuốn sử biên niên Đại Nam thực lục của nhà Nguyễn cũng chép rằng, sau khi Văn Khuông dâng mâm xong trốn về, tướng Nguyễn đóng ở biên giới đã chủ động đánh lấn sang đất Trịnh gây hấn trước, do đó Trịnh Tráng mới động binh vào nam, dẫn tới cuộc đại chiến đầu tiên giữa Trịnh và Nguyễn.
Chân tướng của sự việc này không giống những gì sử nhà Nguyễn chép. Chiếc mâm đồng hai đáy và bài thơ mà Đào Duy Từ dụng tâm khổ trí làm ra thì có thể có, nhưng thực ra phía Trịnh đã không phát giác ra cái mâm có hai đáy và do đó chúa Trịnh không phải tức giận về bài thơ này. Nhà Nguyễn muốn cha ông mình – chúa Sãi - đấm được họ Trịnh một cú đòn ngoại giao ngoạn mục, nhưng trên thực tế quả đấm đó chỉ trúng vào không khí. Các sử gia nhà Nguyễn đã sơ hở khi chọn Trạng Bùng làm người giải bài thơ của mưu sĩ họ Đào nhưng lại quên rằng lúc đó Trạng Bùng đã mồ yên mả đẹp từ lâu. Theo các nhà nghiên cứu, việc chúa Nguyễn tiếp tục không nộp thuế, cũng không ra nộp mình và cũng không sai con ra theo sắc của vua Lê (chúa Trịnh nhân danh), rồi họ Nguyễn chủ động gây hấn mới là lý do để Trịnh Tráng khởi binh.

Bảy lần đại chiến

Cuộc chiến đầu tiên 1627

Tháng 3 năm 1627, Trịnh Tráng khởi 20 vạn đại quân thủy bộ vào nam, cùng các tướng Nguyễn Khải, Lê Khuê chia làm hai đạo tiến vào, hội binh ở cửa Nhật Lệ. Phía Nguyễn cử các tướng Nguyễn Hữu Dật, Nguyễn Vệ, Nguyễn Phúc Trung đón đánh.
Quân Trịnh chủ động tấn công nhưng không chọc thủng được tuyến phòng thủ của quân Nguyễn. Phía Nguyễn có lợi thế là đại bác kiểu Bồ Đào Nha nên làm quân Trịnh sợ chạy dạt. Hai tướng Trịnh là Nguyễn Khải và Lê Khuê đều thua chạy.
Trong lúc hai bên tiếp tục giằng co thì Nguyễn Hữu Dật phao tin ở miền bắc, Trịnh Gia và Trịnh Nhạc âm mưu làm phản. Trịnh Tráng nghi ngờ vội thu quân về bắc.

Cuộc chiến thứ hai 1633

Quân Trịnh rút về, Nguyễn Phúc Nguyên theo kế của Đào Duy Từ gấp rút xây lũy Trường Dục (Lũy Thầy) để phòng thủ.
Năm 1631, con Phúc Nguyên là thế tử Kỳ chết, con thứ hai là Lan được lập làm thế tử, con thứ tư là Nguyễn Anh ra thay Kỳ trấn giữ Quảng Nam. Anh bất mãn không được làm thế tử, mưu thông đồng với chúa Trịnh, bèn viết thư hẹn làm nội ứng cho Trịnh Tráng.
Năm 1633, Trịnh Tráng khởi binh nam tiến lần thứ hai, đóng ở cửa Nhật Lệ. Chúa Nguyễn cử Nguyễn Hữu Dật, Nguyễn Hữu Tiến làm tướng ra đánh. Trịnh Tráng đang đợi suốt hơn 10 hôm không thấy hiệu làm nội ứng của Ánh thì bị quân Nguyễn đánh úp, quân Trịnh hoảng loạn tan vỡ bỏ chạy. Trịnh Tráng rút về bắc, để lại con rể là Nguyễn Khắc Liệt trấn thủ châu Bắc Bố Chính.

Quân Nguyễn đánh ra Bố Chính

Năm 1634, Đào Duy Từ chết, năm sau Nguyễn Phúc Nguyên chết, con là Phúc Lan lên thay, tức là Thượng vương. Em Lan là Phúc Ánh nổi loạn bị giết chết.
Năm 1637, Phúc Lan sai Nguyễn Đình Hùng mang quân đánh úp chiếm Nam Bố Chính, giết tướng trấn thủ là Nguyễn Tịch.
Năm 1640, tướng Trịnh là Nguyễn Khắc Liệt mang quân đánh phá Nam Bố Chính rồi rút về. Chúa Nguyễn theo kế phản gián của Nguyễn Hữu Dật, viết thư cho Trịnh Tráng nói Liệt mưu thông đồng với chúa Nguyễn nên mặt ngoài gây chiến mà bên trong muốn hàng. Mặt khác, Nguyễn Phúc Lan thúc quân đánh Khắc Liệt. Khắc Liệt thua chạy, viết thư cầu cứu. Trịnh Tráng tin lời gièm của bên Nguyễn nên khi Liệt xin viện binh, Tráng điều Trịnh Kiều mang quân vào cứu, thực ra là để thay Liệt.
Kiều theo lệnh đến nơi nhưng không cứu Liệt mà chặn đường bắt Liệt mang về nộp chúa Trịnh, do đó quân Nguyễn nhân thời cơ đánh chiếm luôn Bắc Bố Chính. Nguyễn Khắc Liệt bị Trịnh Tráng xử tử.

Cuộc chiến thứ ba 1643

Mất Bắc Bố Chính, năm 1643, Trịnh Tráng điều quân vào nam chiếm lại. Chúa Trịnh cử hai con là Tạc và Lệ đi tiên phong, cùng các tướng Phạm Công Trứ, Nguyễn Danh Thọ, Nguyễn Quang Minh.
Quân Trịnh ồ ạt tiến công giết chết tướng Nguyễn là Bùi Công Thắng, chiếm lại Bắc Bố Chính, tiến lên đóng ở cửa Nhật Lệ. Sau khi hai con ra quân được một tháng, chúa Trịnh rước vua Lê Thần Tông cùng đi nam chinh. Hai bên đối trận chưa phân thắng bại, gặp lúc mùa hè, khí hậu oi bức, quân Trịnh bị bệnh nhiều nên Trịnh Tráng đành ra lệnh lui quân.
Tháng 6 năm 1643, theo đề nghị của chúa Trịnh, ba tàu chiến Hà Lan (trước gọi là Hòa Lan) là Wojdenes (De Wijdeness), Waterhond và Vos tiến vào cửa Thuận An đánh chúa Nguyễn. Thế tử Nguyễn Phúc Tần chưa được lệnh của cha vẫn mang quân ra nghênh chiến, làm một tàu của Hà Lan bị va phải đá ngầm rồi chìm, chiếc chỉ huy bị quân Nguyễn vây chặt nên thuyền trưởng phải tự đốt tàu, chiếc còn lại chạy thoát được.

Cuộc chiến thứ tư 1648

Tháng 2 âm lịch năm 1648, Trịnh Tráng sai Lê Văn Hiểu khởi binh nam tiến lần thứ tư, dẫn bộ binh đánh Nam Bố Chính, còn thủy quân đánh cửa Nhật Lệ. Cha con Trương Phúc Phấn cố thủ ở lũy Trường Dục, quân Trịnh đánh không hạ được.
Thế tử Phúc Tần mang quân cứu viện ra Quảng Bình, chia quân thủy phục ở sông Cẩm La, sai Nguyễn Hữu Tiến mang quân đánh úp quân Trịnh lúc nửa đêm. Quân Trịnh thua lớn, bị thủy quân Nguyễn chặn đánh chạy đến tận sông Gianh.
Tháng 3 năm 1648, quân Nguyễn định vượt sông Gianh đánh ra Bắc Bố Chính thì nghe tin chúa Nguyễn ngã bệnh chết trên thuyền trên đường về Thuận Hóa nên phải lui binh. Con Phúc Lan là Nguyễn Phúc Tần lên thay, tức là Hiền vương.
Trịnh Tráng lui binh, sai Lê Văn Hiểu giữ Hà Trung, Lê Hữu Đức đóng ở Hoành Sơn, Phạm Tất Toàn giữ Bắc Bố Chính.

Đại chiến lần thứ năm 1655 – 1660: Giằng co ở Nghệ An

Cuộc chiến lần thứ năm là cuộc chiến dài nhất, lớn nhất trong cuộc xung đột Trịnh - Nguyễn và là lần duy nhất quân Nguyễn chủ động đánh ra bắc.

Quân nam chiếm 7 huyện Nghệ An

Tháng 4 năm 1655, chúa Nguyễn sai Nguyễn Hữu Tiến, Nguyễn Hữu Dật mang quân vượt sông Gianh đánh Bắc Bố Chính. Tướng Trịnh là Phạm Tất Toàn đầu hàng. Tiến và Dật thừa thắng tiến lên đánh Hoành Sơn, Lê Hữu Đức thua chạy. Tiến và Dật đánh luôn Hà Trung, Lê Văn Hiểu thua chạy nốt, cùng Đức lui về giữ An Trường (Nghệ An).
Trịnh Tráng thấy các tướng thua luôn, sai Trịnh Thượng làm thống lĩnh mang quân vào nam, triệu các tướng cũ về. Lê Văn Hiểu bị thương, nửa đường chết, còn Đức bị giáng chức.
Trịnh Thượng lãnh binh, tiến quân bộ vào huyện Kỳ Hoa, chia quân thủy tiến đến cửa Kỳ La. Hữu Tiến rút về nam sông Gianh. Trịnh Thượng thấy địch vô cớ rút, biết có mưu nhử nên không đuổi, đóng lại Lạc Xuyên, chia quân ra giữ Hà Trung. Hữu Tiến, Hữu Dật thấy địch không đuổi, liền chia quân thủy bộ đánh ra. Quân Trịnh hai cánh đều thua, quân thủy bỏ Kỳ La về Châu Nhai, quân bộ bỏ Lạc Xuyên về giữ An Trường. Thế là 7 huyện Nghệ An ở phía nam sông Lam là Kỳ Hoa, Thạch Hà, Thiên Lộc, Nghi Xuân, La Sơn, Hương Sơn, Thanh Chương về tay chúa Nguyễn.

Trịnh Toàn cầm quân

Trịnh Tráng giáng chức Thượng rồi cử con là Trịnh Tạc vào làm Thống lĩnh. Hữu Tiến thấy viện binh Trịnh bèn lui về giữ Hà Trung. Gặp lúc họ Mạc phía bắc quấy rối, Trịnh Tạc phải rút về bắc, để Đào Quang Nhiêu ở lại đóng ở An Trường, Vũ Văn Thiêm lãnh thủy quân đóng ở Khu Độc; Thân Văn Quang và Mẫn Văn Liên đóng ở Tiếp Vũ.
Năm 1656, Hữu Tiến đánh Tiếp Vũ, Quang và Liên bỏ chạy. Hữu Dật phá tan thủy quân của Văn Thiêm, Thiêm cũng chạy. Quân Nguyễn hợp lại đụng Đào Quang Nhiêu, Nhiêu bại trận chạy về giữ An Trường.
Trịnh Tráng bèn cử con út là Trịnh Toàn vào cứu viện. Toàn đốc quân tiến đến Thạch Hà, sai Nhiêu và Dương Hồ tiến lên đóng ở Đại Nại và Hương Bộc, Văn Thiêm tiến lên cửa Châu Nhai (cửa khẩu sông Lam). Hữu Dật sai Nguyễn Cửu Kiều một lần nữa đánh tan Văn Thiêm, Thiêm lại bỏ chạy. Dật sang bờ sông Lam hợp binh với Kiều kéo đến Đại Nại. Quân bộ của Hữu Tiến đánh Nhiêu ở Hương Bộc, Trịnh Toàn mang quân đến cứu, đánh bại quân Nguyễn. Sau đó Toàn lại sang đánh quân Nguyễn ở Đại Nại, giết chết Cửu Kiều, quân Nguyễn thua to, chạy về Hà Trung. Toàn và Nhiêu cùng đuổi đến Tam Lộng lại bị Tiến và Dật đánh bại, phải rút về An Trường.

Sách Việt Nam sử lược mô tả trận này hai bên có thắng có thua, sách Đại Việt Sử ký Toàn thư của Lê - Trịnh mô tả trận này quân Trịnh thắng lớn, ngược lại sách Đại Nam thực lục tiền biên của nhà Nguyễn soạn sau này lại mô tả trận này quân Nguyễn thắng. Các nhà nghiên cứu thống nhất với Việt Nam sử lược rằng hai bên có thắng có thua: sau trận thắng đầu quân Trịnh bị thua, nếu không đang đà thắng lợi phải tiến lên chứ không thể lui về giữ An Trường.

Trịnh Tráng bệnh nặng, thế tử Trịnh Tạc cầm quyền điều hành. Thấy Trịnh Toàn rất có uy tín với quân sĩ, Trịnh Tạc lo lắng. Tạc sai con là Căn mang quân vào Nghệ An, tiếng là tăng viện nhưng để kìm chế Trịnh Toàn. Tháng 4 năm 1657, Trịnh Tráng chết, Tây Định vương Trịnh Tạc lên thay. Biết anh em chúa Trịnh bất hòa, chúa Nguyễn sai người đến dụ nhưng Toàn cự tuyệt. Chúa Trịnh cử Trịnh Căn thay Toàn làm Thống lĩnh, triệu Toàn về kinh. Thủ hạ của Toàn một số người sang với Trịnh Căn, một số hàng Nguyễn. Toàn về kinh, chúa Trịnh lấy cớ trách Toàn không chịu tang cha rồi giam vào ngục và giết đi.

Trịnh Căn lãnh binh

Tháng 6 năm 1657, Trịnh Căn chia quân sai Hoàng Thể Giao, Lê Thì Hiến và Trịnh Thế Công vượt sông Lam đánh tướng Nguyễn là Tống Hữu Đại ở huyện Thanh Chương. Do có người tiết lộ, Hữu Tiến biết trước phòng bị nên quân Trịnh bị thua rút về bờ bắc sông Lam.
Hai bên tạm hưu chiến cầm cự ở sông Lam, chỉ giao tranh những trận nhỏ. Tháng 6 năm 1658, tù trưởng Lang Công Chấn ở Quỳnh Lưu theo Nguyễn, mang quân đánh Trịnh, bị quân Trịnh đánh bại bắt được giải về Thăng Long. Tháng 7, quân Nguyễn vượt sông Lam thắng được Nguyễn Hữu Tá ở huyện Hưng Nguyên nhưng bị Lê Thì Hiến đánh bại phải rút về. Tháng 12, quân Trịnh đánh huyện Hương Sơn, thắng quân Nguyễn. Tháng 8 năm 1660, quân Trịnh lại đánh Nghi Xuân bị bại trận.

Chiến tranh hậu phương

Trong khi ngoài mặt trận diễn ra các trận đánh lẻ tẻ thì phía trong mỗi bên đều lo củng cố hậu phương. Hữu Dật nhân lúc ngưng chiến tung gián điệp ra bắc dụ Phạm Hữu Lễ trấn thủ Sơn Tây, Văn Dũ trấn thủ Hải Dương làm phản Trịnh, lại hẹn họ Vũ ở Tuyên Quang và họ Mạc ở Cao Bằng^[4] cùng nổi dậy. Tuy nhiên do lực lượng các cánh này đều yếu, nhất là hai cánh Vũ, Mạc đều có ý đồ riêng. Tất cả có ý chờ quân Nguyễn vượt sông Lam, bắc tiến thật gấp mới ra mặt. Trong khi đó, quân Nguyễn cũng không hùng hậu, đi đánh xa lâu ngày đã mệt, cũng có ý chờ miền bắc có biến mới dám đánh lớn. Hai bên dùng dằng chờ nhau. Chúa Trịnh biết Hữu Lễ thông đồng với Nguyễn bèn dụ và giết chết. Ngoài biên cương, Trịnh Căn cũng cầm quân rất nghiêm, xử tử tướng Hoàng Nghĩa Chấn vì đố kỵ không tiếp ứng cho Đào Quang Nhiêu, sau đó lại giết Nguyễn Đức Dương vì bán trộm lương cho quân Nguyễn. Bên kia, Hữu Dật cũng giết hàng tướng Phạm Tất Toàn vì có ý về bắc.
Các tướng Nguyễn nảy sinh mâu thuẫn. Hữu Tiến và thuộc tướng ghét Hữu Dật vì Dật được chúa Nguyễn tin yêu hơn. Trịnh Căn nhân đó sai người mang vàng đến dụ nhưng Dật không nghe, báo hết cho chúa Nguyễn biết.

Trịnh Căn thu hồi đất cũ

Tháng 9 năm 1660, Trịnh Căn chia quân, sai Hoàng Nghĩa Giao và Lê Thì Hiến đang đêm vượt sông Lam đánh Lận Sơn. Cánh quân của Giao đến Lận Sơn bị Nguyễn Hữu Dật vây ngặt, mấy thuộc tướng tử trận. Trịnh Căn thấy vậy mang quân bộ đến cứu Giao, lại điều quân thủy tiến lên áp sát quân Nguyễn mà bắn, đánh tan Dật, Dật thua chạy về Khu Độc. Cánh quân của Thì Hiến và Mẫn Văn Liên đụng độ Nguyễn Hữu Tiến ở Tả Ao, tuy Liên bị tử trận nhưng quân Trịnh phá được lũy, đánh bại được Hữu Tiến. Tiến phải rút về Nghi Xuân.
Nguyễn Phúc Tần mang quân tiếp ứng, đóng ở Quảng Bình. Hữu Dật muốn khoe công với chúa bèn lẻn về ra mắt Tần, thuật chuyện các chiến công vừa lập ngoài mặt trận. Tần ban cho Dật thanh bảo kiếm và sai quay lại đánh tiếp. Tiến nghe tin đó càng ghét Dật. Nhân lúc quân mới hàng ở Nghệ An bỏ trốn nhiều, tướng sĩ Nguyễn đều ngã lòng, Tiến bàn rút lui, chỉ có Dật không nghe.
Chúa Trịnh tăng viện cho Trịnh Căn. Tháng 11 năm 1660, biết bên Nguyễn các tướng bất hòa, quân lại bỏ trốn, Trịnh Căn sai Lê Thì Hiến và Lê Sĩ Triệt đánh huyện Nghi Xuân, Hoàng Nghĩa Giao và Nguyễn Năng Thiệu đánh huyện Thiên Lộc, phá tan quân Nguyễn. Quân Trịnh lấy lại 7 huyện ở Nghệ An mất từ năm 1655.
Hữu Tiến thua trận buộc phải rút quân, nhưng vì ghét Dật nên giả cách hạ lệnh đánh An Trường và bí mật rút về Nam Bố Chính mà không báo cho Dật biết. Quân Trịnh đang đà thắng, sang sông đánh Khu Độc. Dật biết tin Tiến rút rồi, bèn làm nghi binh khiến quân Trịnh không dám đuổi gắt. Về đến Hoành Sơn, Dật gặp Tiến, vừa lúc Trịnh Căn thúc quân đuổi tới, hai bên giao tranh ác liệt và cùng thiệt hại lớn.
Hai bên bèn hưu chiến, Trịnh Căn lui về giữ Kỳ Hoa, Hữu Tiến giữ Nhật Lệ, Hữu Dật giữ Đông Cao. Trịnh Căn sai Đào Quang Nhiêu trấn thủ Nghệ An kiêm Bắc Bố Chính, còn mình rút về bắc.

Cuộc chiến thứ sáu 1661-1662

Sau 1 năm nghỉ binh, nhân vừa thắng quân Nguyễn, tháng 10 năm 1661, Trịnh Tạc mang vua Lê Thần Tông cử đại binh vào nam, cử Trịnh Căn làm thống lĩnh cùng các tướng Hoàng Thể Giao, Đào Quang Nhiêu, Lê Thì Hiến vượt sông Gianh.
Nguyễn Hữu Dật trấn thủ Nam Bố Chính chia quân đắp lũy thế thủ, quân Trịnh đánh mấy tháng không hạ được. Tháng 3 năm 1662, quân viễn chinh mệt mỏi, lương hết, chúa Trịnh bèn rút quân về bắc. Hữu Dật đuổi theo đến sông Gianh rồi rút về.

Cuộc chiến thứ bảy 1672

Vua Thần Tông rồi Huyền Tông mất, vua Gia Tông lên ngôi. Sau khi dứt được họ Mạc ở Cao Bằng (1667), năm 1672, chúa Trịnh lại cử binh nam tiến, sai Trịnh Căn lĩnh thủy binh, Lê Thì Hiến lĩnh bộ binh.
Bên Nguyễn năm 1666 Nguyễn Hữu Tiến chết. Chúa Nguyễn cử em là Hiệp làm chủ tướng cùng Hữu Dật và Nguyễn Mỹ Đức ra chống cự, tự chúa Nguyễn ra tiếp ứng. Quân Trịnh hăng hái đánh lũy Trấn Ninh mấy lần suýt hạ được nhưng Hữu Dật cố sức chống đỡ. Quân Trịnh đánh mãi không thắng phải rút về Bắc Bố Chính, Trịnh Căn lại bị ốm nên Trịnh Tạc rút đại quân về kinh, cử Lê Thì Hiến, Lê Sĩ Triệt ở lại trấn thủ.

Chia đôi đất nước

Trước sau trong 46 năm ròng rã, hai bên Trịnh - Nguyễn đánh nhau lớn bảy lần và một số lần đánh nhau quy mô nhỏ hơn. Chiến trường chủ yếu ở hai bờ sông Gianh, vùng Nghệ An, Hà Tĩnh và Quảng Bình ngày nay.
Hai bên đều có lợi thế và điểm yếu nên không thể tiêu diệt được nhau, dù cùng mang khẩu hiệu "Phù Lê". Sau nhiều năm giao chiến, cả hai bên đều kiệt quệ về sức người sức của nên phải chấp nhận đình chiến, chia cắt lâu dài. Sông Gianh, sử sách hay gọi là Linh Giang, trở thành ranh giới chia nước Đại Việt thành Đàng Trong và Đàng Ngoài.
Họ Trịnh không thể tiến vào chiếm Thuận Hóa nên tập trung diệt tàn dư nhà Mạc ở Cao Bằng (1677), dứt họ Vũ ở Tuyên Quang (1699), củng cố địa bàn Bắc Bộ. Họ Nguyễn không thể ra Thăng Long nên dồn sức diệt Chiêm Thành, lấn sang Chân Lạp để mở mang bờ cõi vốn nhỏ hẹp về phía nam. Hai bên đều có những chúa cai trị giỏi nên ổn định được lãnh thổ suốt hơn 100 năm.

Cuộc chiến cuối cùng

Quân Trịnh lại nam tiến

Một trăm năm sau khi đình chiến, một biến cố lớn ở Đàng Trong làm xáo trộn cả Nam Hà lẫn Bắc Hà.
Ba anh em Tây Sơn nổi dậy khởi nghĩa nhân lúc chính quyền họ Nguyễn lục đục rơi vào tay quyền thần Trương Phúc Loan. Khi thủ lĩnh Tây Sơn là Nguyễn Nhạc làm chủ được Nam Trung Bộ thì họ Trịnh nhận thấy thời cơ tiêu diệt họ Nguyễn đã đến.
Đầu tiên dùng danh nghĩa đánh Tây Sơn giúp Nguyễn, tháng 9 âm lịch năm 1774, chúa Tĩnh Đô vương Trịnh Sâm cử lão tướng Việp quận công Hoàng Ngũ Phúc làm Bình nam thượng tướng quân, Bùi Thế Đạt làm phó tướng mang 36.000 quân nam tiến.
Quân Trịnh tiến tới địa giới Bắc Bố Chính, tướng Nguyễn là Trần Giai chạy sang đầu hàng, làm hướng đạo cho quân Trịnh. Hoàng Ngũ Phúc vượt sông Gianh. Chúa Nguyễn biết ý Trịnh muốn đánh chiếm nên điều quân kháng cự.

Quận Việp đánh chiếm Phú Xuân

Được sứ giả họ Nguyễn là Kiêm Long gợi ý  Hoàng Ngũ Phúc sai Hoàng Đình Thể tiến đánh lũy Trấn Ninh. Các tướng Nguyễn làm nội ứng mở cửa đầu hàng. Quân Trịnh chiếm được Quảng Bình.
Tháng 11 năm 1774, Trịnh Sâm tự cầm thủy quân vào Nghệ An làm thanh viện cho quận Việp. Quận Việp đánh Lưu Đồn, thống suất bên Nguyễn là Tống Hữu Trường bỏ chạy. Quận Việp tiến đến Hồ Xá dùng chiêu bài khác, lấy cớ trừng phạt Trương Phúc Loan chuyên quyền để nam tiến tiếp.
Quân Nguyễn yếu thế không chống nổi, Định vương Nguyễn Phúc Thuần phải trói Trương Phúc Loan nộp quân Trịnh. Giết Loan rồi, Hoàng Ngũ Phúc lại dùng lý do giúp Nguyễn đánh Tây Sơn để tiến vào Phú Xuân hội binh. Chúa Nguyễn sai các tướng trá hàng để quấy rối Quảng Bình, Bố Chính sau lưng quân Trịnh, nhưng các cánh quân đó bị quân Trịnh nhanh chóng phá tan. Chúa Nguyễn điều Tôn Thất Chí, Nguyễn Văn Chính ra đánh đều bị quận Việp đánh bại. Quận Việp sai Hoàng Đình Thể, Hoàng Nghĩa Phác theo đường núi qua thác Trầm Ma đánh tan quân Nguyễn, giết chết Chính.
Đầu năm 1775 quân Trịnh tiến vào Phú Xuân. Chúa Nguyễn không chống nổi phải bỏ chạy vào Quảng Nam. Quân Trịnh chiếm toàn bộ Thuận Hóa.

Tây Sơn hàng Trịnh

Nguyễn Nhạc nhân chúa Nguyễn bỏ chạy vào Quảng Nam bèn mang quân hai đường thủy bộ ra đánh. Nguyễn Phúc Thuần vội bỏ Quảng Nam theo đường biển trốn vào Gia Định, để lại Nguyễn Phúc Dương.
Tháng 2 năm 1775, Trịnh Sâm từ Hà Trung trở về kinh, hạ lệnh cho quận Việp đánh Quảng Nam. Quân Tây Sơn cũng tiến ra, lùng bắt được Phúc Dương. Tháng 4, quân Trịnh vượt đèo Hải Vân và đụng độ với quân Tây Sơn. Hoàng Ngũ Phúc đang đà thắng lợi, sai Hoàng Đình Thể, Hoàng Phùng Cơ đánh bại quân Tây Sơn ở Cẩm Sa. Nguyễn Nhạc phải rút quân về Quy Nhơn.
Nhân lúc Nguyễn Nhạc thua trận, tướng Nguyễn là Tống Phúc Hiệp từ Bình Khang đánh ra Phú Yên, quân Tây Sơn lại thua phải co về Quy Nhơn. Tình thế của Nguyễn Nhạc rất nguy ngập, bèn sai người đến chỗ Hoàng Ngũ Phúc xin đầu hàng và làm tiên phong cho chúa Trịnh để đánh chúa Nguyễn. Quân Trịnh đi xa bấy giờ đã mệt mỏi, quân sĩ nhớ nhà, Hoàng Ngũ Phúc cũng muốn mượn sức Tây Sơn diệt họ Nguyễn nên nhân danh chúa Trịnh cho Nguyễn Nhạc hàng, sai Nguyễn Hữu Chỉnh đem sắc, ấn, cờ đến phong Nguyễn Nhạc làm "Tây Sơn trưởng hiệu tráng tiết tướng quân".
Dù thế, quận Việp lão luyện vẫn không lui quân, đóng sát địa giới Quảng Ngãi, định chờ nếu Tây Sơn bại trận sẽ tiến vào chiếm Quảng Ngãi và Quy Nhơn. Nhân lúc Tây Sơn mang quân vào đánh Phú Yên, quận Việp liền lấn tới đóng quân ở Chu Ổ thuộc Quảng Ngãi.

Thịnh quá hóa suy, suy quá lại thịnh

Tháng 7 năm 1775, nghe tin Nguyễn Huệ thắng quân Nguyễn chiếm lại Phú Yên, quận Việp án binh lại. Theo yêu cầu của Nguyễn Nhạc, quận Việp phong chức cho Nguyễn Huệ làm "Tây Sơn hiệu tiền tướng quân". Ít lâu sau, quân Trịnh bị bệnh dịch chết khá nhiều, quận Việp tuổi già sức yếu bèn bỏ Quảng Nam lui về Phú Xuân, sau đó giao lại thành này cho Bùi Thế Đạt, còn mình dẫn đại quân về bắc. Tháng 10 năm đó, quận Việp bị bệnh chết trên đường về.
Lần đầu tiên sau 150 năm nam chinh, họ Trịnh tiến tới Quảng Nam, mở cương thổ cho vua Lê thời trung hưng tới gần được như thời Lê Thánh Tông của Lê sơ trước đây. Cũng lần đầu tiên họ Nguyễn mất toàn bộ đất căn bản Thuận - Quảng, bị dồn vào Nam Bộ, mảnh đất họ Nguyễn đã đặt bộ máy hành chính của mình chưa đầy 100 năm.
Cuộc nam tiến lần thứ 8 năm 1774 – 1775 của quân Trịnh cũng là trận chiến Trịnh - Nguyễn cuối cùng. Từ đây hai bên bị địa bàn của Tây Sơn ngăn cách và không còn tái chiến. Sau 8 cuộc chiến vẫn không bên nào diệt được bên nào nhưng không lâu sau đó cả Trịnh và Nguyễn đều bại dưới tay Tây Sơn.
Sau trận 1774, lãnh thổ họ Trịnh quản lý phát triển đến cực thịnh. Nhưng sau khi quận Việp chết, phía Trịnh từ chúa đến quân đều có ý tận hưởng chiến thắng, lơ là phòng bị biên cương phía nam. Chỉ hơn 10 năm sau thắng lợi ở Phú Xuân, chính kinh thành Thăng Long của họ Trịnh bị thất thủ và họ Trịnh mất theo. Trong khi đó, sau khi bị đánh bật khỏi mảnh đất cuối cùng là Nam Bộ phải đi lưu vong, họ Nguyễn đã trở về và khôi phục lại lãnh thổ. Cuối cùng vì những biến cố có lợi, họ Nguyễn trở thành người cai trị cả nước.

Nhận định

Lợi thế, nhược điểm

Trong cuộc chiến 7 lần thế kỷ 17, tuy Trịnh có danh nghĩa vua Lê, có lực lượng mạnh hơn, lợi thế về nhân lực đông đảo, vật chất dồi dào hơn nhưng quân phải đi đánh đường xa thường mệt mỏi và lương thảo không vận kịp, mặt khác Bắc Hà luôn có mối lo các lực lượng cát cứ ở hậu phương nên không thể dốc toàn lực, toàn tâm vào cuộc chiến.
Phía Nguyễn dù lực lượng ít hơn nhưng được đánh tại đất nhà, có hai tướng giỏi là Hữu Tiến và Hữu Dật, lại có các chiến lũy kiên cố. Qua nhiều năm giao chiến khi tiến khi lui, cuối cùng họ Nguyễn từ Thuận Hóa lấn được ra tới sông Gianh, chiếm được Nam Bố Chính. Hơn nữa, ngoài đất đai, họ Nguyễn còn mang về được một lượng nhân lực khá lớn để khai khẩn những vùng đất mới khai thác phía nam. Điều đó cũng có ý nghĩa rất quan trọng trong việc phát triển thế lực của họ Nguyễn lúc đó cũng như sau này.
Phía Trịnh trong giai đoạn đầu đã mắc sai lầm chủ quan, ỷ vào lợi thế của mình, đánh giá chưa đúng về thực lực của họ Nguyễn nên hay bị thua trận. Tuy nhiên, khi đánh ra Nghệ An, chính quân Nguyễn cũng bộc lộ điểm yếu của đạo quân phải đánh xa nhà nên không thể tự mình tiếp tục duy trì ưu thế bắc tiến. Ngay các danh tướng nhiều mưu mẹo như Hữu Dật, Hữu Tiến cũng lực bất tòng tâm, không thể có đủ lực lượng để dàn ra khắp mặt trận nhằm thực hiện tấn công tổng lực ra bắc mà có ý hoãn binh, trông chờ vào các lực lượng quấy rối ở hậu phương địch để chia sức quân Trịnh. Mặt khác, vì lực lượng có hạn, quân viễn chinh của Nguyễn không còn đủ sức đương đầu với phía Trịnh đông quân nhiều tướng hết lớp này đến lớp khác (Lê Văn Hiểu đến Trịnh Thượng, rồi Trịnh Toàn, lại Trịnh Căn) được điều ra mặt trận. Khi họ Trịnh củng cố nhân sự, siết chặt lại đội ngũ thì ưu thế nhân lực vật lực được phát huy rõ hiệu quả.
Một nhân tố khác giúp hai bên đứng vững là các tướng ngoài mặt trận của hai bên, dù tài năng ở mức độ khác nhau nhưng nhìn chung đều là những người cần lao, trung thành. Trịnh Toàn bị dụ hàng ở thời điểm ngoài gặp địch mạnh, trong bị anh bức bách không khác gì Trịnh Cối trước đây, thủ hạ sợ vạ lây đều đã hàng Nguyễn, thế nhưng Toàn vẫn không hàng như Cối mà chấp nhận cái chết. Lê Văn Hiểu thua trận, thân bị thương, bị chúa gọi về trị tội cũng không nghe theo lời dụ của Hữu Dật. Nguyễn Hữu Dật cũng bị dụ khi vừa thua trận và bị các tướng ganh ghét, nhưng cũng không đổi dạ thay lòng. Những trường hợp sang đầu hàng bên kia không nhiều và không nắm trọng trách nên không gây ảnh hưởng quyết định tới kết quả cuộc chiến.

So sánh với chiến tranh Lê - Mạc

Lê-Mạc và Trịnh-Nguyễn đều là những cuộc nội chiến trường kỳ trong lịch sử Việt Nam, gây ra hậu quả chia đôi nước Đại Việt trong 250 năm. Tuy nhiên, so với chiến tranh Lê - Mạc thời Nam Bắc triều, mức độ của chiến tranh Trịnh - Nguyễn có phần bớt nghiêm trọng hơn.

Về tính đối kháng

Lê - Mạc là kẻ thù không đội trời chung. Mạc cướp ngôi Lê, Lê khôi phục rồi chống Mạc, do đó Lê và Mạc đánh nhau một mất một còn để chứng minh mình là "chính thống", nhất là nhà Minh dùng chiêu bài lập lờ, không dứt khoát công nhận ai.
Giữa Trịnh và Nguyễn, xuất phát vốn là người trong một nhà, Trịnh Kiểm lấy chị Nguyễn Hoàng là Ngọc Bảo, đến Trịnh Tráng lại lấy con gái Nguyễn Hoàng là Ngọc Tú. Trước khi dùng "binh", Trịnh và Nguyễn đã dùng "lễ" trong thời gian khá dài vì cả hai đều khởi phát từ danh nghĩa "phù Lê".

Thời gian, mật độ

Chỉ trừ lần đụng độ thứ năm kéo dài 5 năm (1655-1660), các cuộc đụng độ khác giữa Trịnh và Nguyễn đều kéo dài chỉ vài tháng, thậm chí trong chưa đầy một tháng; khoảng cách giữa các cuộc chiến cũng khá dài, thường là 5-7 năm, có khi dài tới hàng chục năm. Giữa các cuộc chiến có thời gian đình chiến giúp cả hai bên củng cố thực lực. Trong khi đó, cuộc chiến tranh Lê-Mạc trong 60 năm diễn ra với mật độ liên tục, gần như chỉ một vài năm lại có một cuộc hành quân bắc tiến hoặc nam tiến của bên này hoặc bên kia.
Lực lượng của Lê và Mạc nhìn chung ngang nhau nên cả hai bên "ăn miếng trả miếng", lúc thủ lúc đánh. Còn khi đụng đầu với Trịnh, Nguyễn chủ yếu ở thế phòng thủ, dùng chiến lũy kiên cố, địa hình hiểm trở để cản đường nam tiến của Trịnh. Lúc đó Nguyễn chưa lấy được đất Chiêm Thành và Thủy Chân Lạp nên lực lượng còn hạn chế, vì vậy sau cuộc chiến Nghệ An 1655 – 1660, Nguyễn không thể tái diễn một cuộc chiến dài hơi như vậy với Trịnh.

Địa bàn

Chiến tranh Trịnh - Nguyễn chỉ diễn ra ở phạm vi Trung Bộ, thuộc các tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình. Chiến tranh Lê - Mạc trải khắp gần như toàn lãnh thổ Đại Việt khi đó, từ Bắc Bộ tới Thanh - Nghệ và có lần tới Thuận Hóa. Vì thế ảnh hưởng và thiệt hại của quân, dân hai bên trong chiến tranh Lê - Mạc lớn hơn so với chiến tranh Trịnh - Nguyễn.

Chính sách

Nhân tố quan trọng hơn cả giúp các chúa Trịnh và chúa Nguyễn ngồi vững và giữ được cơ nghiệp là chính sách cai trị phù hợp. Ngoài danh nghĩa "phù Lê", các chúa đều lấy được lòng dân tại khu vực mình cai quản để huy động nhân lực, vật lực vào cuộc chiến. Hơn nữa, các chúa Trịnh, Nguyễn đều giải quyết nhanh chóng, dứt điểm những rạn nứt từ bên trong chính quyền mình, chủ yếu là những người trong cùng một nhà có ý đồ khác, không để những xung đột nội bộ xé rộng làm ảnh hưởng tới toàn cục.
Sử sách không chép rõ thiệt hại về người qua từng cuộc chiến là bao nhiêu nhưng chắc chắn con số thương vong của hai bên phải tới hàng vạn người. Ngoài ra, nhân dân trong vùng chiến sự bị thiệt hại nhiều hơn cả.
Hơn một trăm năm sau, các lũy Trấn Ninh, Trường Dục vẫn vững chắc như xưa, nhân tài vật lực của Đàng Trong bấy giờ không còn kém Đàng Ngoài nữa, nhưng lòng người lúc đó đã chia lìa nên lũy cao, đất hiểm không còn giúp được họ Nguyễn cản đường quân Trịnh nam tiến như 7 lần trước. Quân Trịnh đánh tới như cuốn chiếu, tướng Nguyễn thi nhau hàng Trịnh, giúp quận Việp lập công. Sau thành quả chiếm Phú Xuân, họ Trịnh say sưa chiến thắng, tưởng như công nghiệp của mình đã vượt được cha ông. Đất đai rộng hơn, quân số và dân số đông thêm, của cải giàu lên, các mối lo cát cứ ở hậu phương không còn, lẽ ra Bắc Hà phải hùng mạnh hơn trước. Thế nhưng chính sự lại rối ren, nhân dân chán ghét nhà chúa; tướng lười quân kiêu, còn lấy việc mất Thuận Hóa (về tay Tây Sơn) làm may , bởi thế cơ đồ mới bị mất mau chóng hơn cả nhà Mạc trước kia vốn chỉ còn vùng Bắc bộ.
Tài đức của người lãnh đạo có thu phục, đoàn kết được nhân dân hay không mới mang yếu tố quyết định sự mất còn của đất nước.

Quân lực đôi bên

Quân số

Dân số 2 bên chênh lệch nhiều khiến ảnh hưởng lớn tới việc tăng cường quân số. Tính về diện tích lãnh thổ Đàng Ngoài rộng gấp 2 đến 3 lần lãnh thổ Đàng Trong. Về dân số thì đầu thế kỷ XVII, từ năm 1600 đến 1650, dân số dưới sự cai trị của chúa Trịnh khoảng dưới 5 triệu người, trong khi dân số của chúa Nguyễn khoảng 500.000 -1.000.000 Quân số của hai bên không được thống kê đầy đủ, thường xuyên bị phóng đại để nghi binh, những thống kê chủ yếu chỉ là con số ước đoán của những người đương thời bấy giờ:
Sử gia Phan Khoang trong Việt Sử xứ đàng trong có thống kê quân số như sau:

• Không nói rõ năm: Chúa Nguyễn có chừng 22.740 quân chính quy. Chúa Trịnh có chừng 50.000 quân đóng ở Thăng Long (khi đánh nhau sẽ huy động thêm dân binh, hương binh ở địa phương). Số quân này thường xuyên bị hai phe "nói phao" đôi lúc quân số bị phao từ 10 vạn lên 18 vạn (Trịnh); Nguyễn phóng đại lên 26 vạn. Quân số mỗi phe có thể có tối đa là 20 vạn chính quy và địa phương, và quân chúa Nguyễn lúc nào cũng ít hơn số quân Trịnh. 
• Thủy binh: quân Trịnh có ưu thế lớn với chừng 600 chiến thuyền to hơn tàu châu Âu và trên mỗi thuyền có 3 đại bác, 25 người chèo và binh sĩ. Trong khi chúa Nguyễn có 200 chiến thuyền.
• Một giáo sĩ khác tên Bénigne Vachet: chúa Nguyễn có 40.000 lính: 15.000 thủ Bắc, 9.000 giữ phủ chúa, 6.000 bảo vệ hoàng thân và đại thần và 10.000 binh trấn giữ các khu vực tỉnh lỵ khác. Chiến thuyền 200. Quân bộ chúa Trịnh không có nói, nhưng quân thủy thì khẳng định gấp 3, 4 lần quân chúa Nguyễn. Một tu sĩ tên Choisy kể năm 1697, chúa Nguyễn có 131 chiếc thuyền (chưa tính chiến thuyền địa phương), có chừng 60 tay chèo, 2 pháo thủ, 3 sĩ quan chỉ huy, hai trống trận.

Các lần chiến tranh

• 1627 không ghi quân số
• 1633 không ghi quân số
• 1643 như trên, nhưng có tàu châu Âu đến đòi giúp chúa Trịnh
• 1648 không ghi, quân Nguyễn huy động 100 voi, quân Trịnh bị bắt là 3 vạn và hai tướng. Nguyễn Hữu Tiến di chuyển 3000 quân đóng ở Võ Xá để thủ. Các tướng Trịnh được tha, còn các binh sĩ Trịnh thì chia nhỏ ra cho đi khai hoang hết
• 1655 và 1660 chúa Trịnh bố phòng 1 vạn rưỡi binh thủ nam Chúa Nguyễn không ghi rõ số quân
• 1661 và 1662 không ghi
• 1672 Chúa Trịnh có 10 vạn phóng đại lên 18 vạn, chúa Nguyễn thì không rõ thực bao nhiêu nhưng phóng đại lên 26 vạn.

Giáo sĩ Cristophoto Borri trong Xứ đàng trong năm 1621:

• "Thế lực của chúa  rất mạnh đến nỗi khi ngài muốn ngài có thể tuyển ngay được tám mươi ngàn quân binh chiến đấu. Với tất cả lực lượng này ngài vẫn sợ chúa Đàng Ngoài vốn có lực lượng lớn hơn gấp 4 lần"

Nguyễn Quang Ngọc trong sách Tiến trình Lịch sử Việt Nam 

• Chúa Trịnh có thể huy động ngay lập tức 200.000 quân, 600 thuyền chiến, 500 thuyền vận tải và 500 voi chiến.
• Chúa Nguyễn chỉ có thể huy động tối đa 40.000 quân và 200 chiến thuyền nhưng bù lại có một hệ thống chiến lũy hết sức dày đặc và đường tiếp vận lương thực của chúa Trịnh ra rất khó khăn.

William Dampier, một nhà du hành từng đến Đàng Ngoài năm 1688 có ghi nhận là quân đội chúa Trịnh có chừng 70.000-80.000 quân thường trực, trong số đó hầu hết là bộ binh trang bị súng tay, ở kinh thành chúa có thường trực voi chiến 200 thớt, ngựa chiến 300 con, nuôi béo khỏe . Charles Maybon và Henri Russier ước tính quân đội Đàng Ngoài khoảng 100.000 người, 500 voi, 500 chiến thuyền lớn trang bị 3 súng thần công mỗi chiếc 
Trong Đại Việt sử ký toàn thư, Bản kỷ tục biên ghi nhận thời Nam Bắc triều, quân Trịnh theo phò nhà Lê có lực lượng kỵ binh khá mạnh. Trịnh Tùng từng sử dụng 400 quân thiết kỵ làm trợ chiến để đẩy lùi cuộc xâm lấn của quân Bắc triều. Năm 1592 ông huy động tới 5000 kỵ binh nặng, trang bị giáp sắt cho cả ngựa để vây hãm Đông Kinh của nhà Mạc.
Một ghi chép của người phương Tây về lực lượng quân sự Đàng Ngoài dưới thời Thanh Đô Trịnh Tráng cho rằng vào năm 1640 ông này có trong tay hơn ba mươi vạn bộ binh, hai ngàn thớt voi trận và một trăm lẻ hai ngàn quân kỵ (!) . Con số này còn cần làm rõ.

Quân đội chúa Trịnh

Binh chia ra làm hai hạng: Ưu binh và Nhất binh. Ưu binh là lính mộ ở ba phủ thuộc tỉnh Thanh Hóa và bốn phủ thuộc tỉnh Nghệ An. Nhất binh là lính tuyển ở bốn trấn ngoài Bắc: Sơn Nam, Kinh Bắc (Bắc Ninh), Hải Dương, Sơn Tây cứ 5 xuất đinh bắt một người sung quân ngũ. Lính Ưu binh đóng ở Kinh đô, được nhiều đặc ân, đặc quyền như được cấp công điền và cả chức sắc.
Lính Nhất binh phục vụ tại các trấn, phục dịch các quan, có việc loạn ly và chiến tranh mới được gọi đến, không thì về làm ruộng.
Đến đời chúa Trịnh Doanh (1720–1767) có nhiều giặc dã ở nhiều nơi nên phải gọi lính tứ trấn, động viên cả thảy được 115.000 người hợp thành các đơn vị lớn nhỏ như sau:

1. Đội gồm có: 20 người.
2. Cơ gồm 20 đội có: 400 người.
3. Vệ gồm từ 5 đến 6 cơ: 2000 hay 2400 người (Bên Vệ có Tư là đơn vị có: 100 người).

Quân đội chúa Nguyễn

Binh có hai loại đầu, cũng như ngoài Bắc được gọi đi quân dịch; những trai tráng khỏe mạnh sung thẳng vào quân ngũ và một số được gọi dần có tính cách trừ bị. Việc binh bị đối với các chúa miền Nam là một việc quan trọng nhất, gồm những đơn vị dưới đây:

• Ở hạ tầng là Thuyền hay Tiểu đội, có từ 30 đến 50 người cùng làng hay thuộc làng lân cận. Đội có từ hai ba đến năm Thuyền do một Đội trưởng hay một Cai đội trông. Cơ gồm có nhiều đội thường có tới từ 6 đến 10 Thuyền, có cơ đặc biệt gồm có tới 60 thuyền. Quân số có từ 250 đến 600 người, do một cai cơ hay trưởng cơ chỉ huy.
• Thời đó có 5 cơ: Trung cơ, Tả cơ, Hữu cơ, Hậu cơ và Tiền cơ.
• Dinh gồm có một số quân ngang với cơ do một Trưởng dinh điều kiển. Dưới quyền Trưởng dinh có các Trưởng cơ (theo sự khảo cứu của các sử gia Pháp quân số của các đơn vị trong binh đội Nam Hà hay thay đổi về quân số, nghĩa là quân số khi thăng khi giảm không nhất định).

Các tướng tham chiến chủ yếu của hai bên

Quân Trịnh

• Trịnh Tạc

• Trịnh Toàn

• Trịnh Căn

• Đào Quang Nhiêu

• Lê Thì Hiến

• Lê Sĩ Triệt

• Nguyễn Khắc Liệt

• Lê Văn Hiểu

• Hoàng Ngũ Phúc

• Bùi Thế Đạt

• Hoàng Phùng Cơ

• Hoàng Đình Thể

Quân Nguyễn

• Nguyễn Phúc Tần

• Đào Duy Từ

• Nguyễn Hữu Dật

• Nguyễn Hữu Tiến

• Trương Phúc Phấn

• Tống Hữu Đại

• Nguyễn Cửu Kiều

• Tôn Thất Tráng

Kết luận

Chiến tranh Trịnh-Nguyễn bùng nổ. Trong vòng 45 năm (từ năm 1627 đến năm 1672, hai họ Trịnh-Nguyễn đánh nhau bảy lần với những trận chiến ác liệt, có khi kéo dài năm này qua năm khác. Cuộc chiến tranh đã làm hao tổn sức người, sứa của dân, triệt phá đồng ruộng, xóm làng. Cuộc chiến tranh cũng dẫn đến việc chia đôi lãnh thổ của nước Đại Việt thống nhất giang sơn riêng của hai dòng họ 

Nguyễn Phúc Nguyên

Thân thế

Nguyễn Phúc Nguyên là con thứ sáu của chúa Tiên Nguyễn Hoàng (1525-1613) và một bà vợ họ Nguyễn. Ông sinh ngày 28 tháng 7 năm Quý Hợi, tức ngày 16 tháng 8 năm 1563.
Nguyễn Phúc Nguyên là người đầu tiên trong dòng dõi chúa Nguyễn mang họ kép Nguyễn Phúc. Tương truyền lúc mang thai, mẹ ông chiêm bao thấy có vị thần đưa cho một tờ giấy trên có đề chữ "Phúc". Lúc kể lại chuyện, mọi người chúc mừng bà và đề nghị đứa bé ra đời được đặt tên là "Phúc" . Nhưng bà nói rằng, nếu chỉ đặt tên Phúc cho đứa bé thì chỉ một mình nó hưởng, để cho nhiều người trong dòng họ được hưởng phúc, bà đề nghị lấy chữ này làm chữ lót. Và khi thế tử ra đời bà đặt tên là Nguyễn Phúc Nguyên 
Trong các con của Nguyễn Hoàng, người con đầu là Nguyễn Hà, con thứ là Nguyễn Hán, con thứ ba là Nguyễn Diễn và con thứ tư là Nguyễn Thành đều đã mất sớm; người con thứ năm là Nguyễn Hải ở lại Bắc Hà làm con tin, chỉ còn Nguyễn Phúc Nguyên là người đủ khả năng và điều kiện để kế nghiệp cha.
Năm 1585, khi mới 22 tuổi, Thế tử Nguyễn Phúc Nguyên dẫn một hạm đội 10 chiếc đến bến Cửa Việt, tiêu diệt hai chiếc tàu hải tặc Shirahama Kenki  (Bạch Tần Hiển Quý), người Nhật Bản. Chúa Tiên vui mừng khen rằng:

Con ta thực là anh kiệt. 

Năm Nhâm Dần (1602), Nguyễn Phúc Nguyên được cử đến trấn thủ dinh Quảng Nam 

Điều hành Đàng Trong

Tháng 6 năm Quý Sửu (1613), chúa Tiên Nguyễn Hoàng mất, các quan vâng di chiếu tôn Phúc Nguyên làm Thống lãnh Thuỷ bộ Chư dinh kiêm Tổng Nội ngoại Bình chương Quân quốc Trọng sự Thái bảo Thụy Quận công.  Bấy giờ ông đã 51 tuổi. Ông còn được vua Lê Kính Tông (1599 - 1619) sắc phong làm trấn thủ hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam gia hàm Thái bảo, tước Quận công .
Năm 1620, 2 người em là Nguyễn Phúc Hiệp và Nguyễn Phúc Trạch âm mưu nổi loạn thông đồng với họ Trịnh. 2 người này đem quân chiếm kho Ái Tử và đắp lũy Cồn Cát để làm phản. Chúa sai người đến dỗ song họ không chịu nghe. Sau Chúa cùng tiên phong Tôn Thất Tuyên đem đại binh đi đánh. 2 người em thua chạy bị bắt được. Chúa định tha nhưng các tướng đều khuyên ngăn, cuối cùng 2 người chỉ bị giam vào ngục.
Năm 1622, Chúa Sãi cho đặt dinh Ai Lao, do đất này có sông Hiếu là giáp ranh với đất Ai Lao và các bộ lạc Man Lục Hoàn, Vạn Tượng, Trấn Ninh, Quy Hợp. Mộ dân các nơi chia làm 6 thuyền quân để coi giữ.
Năm 1626, Chúa cho dời cung phủ về làng Phước Yên, xã Phúc Yên, huyện Quảng Điền, tỉnh Thừa Thiên 
Được sự tiến cử của Khám lý Trần Đức Hòa, Chúa Phúc Nguyên đã thu dụng Đào Duy Từ (1572 - 1634). Nhờ có sự hiến kế của Đào Duy Từ, ông đã cho xây Lũy Thầy (lũy Trường Dục, lũy Nhật Lệ và lũy Trường Sa). Tạo thành một thế vững chắc cho xứ Đàng Trong, gây dựng chính quyền độc lập với Đàng Ngoài.
Do nhu cầu phát triển lực lượng chống Trịnh, Chúa mời cha con nhà Jean De La Croix (Bồ Đào Nha) từ Hội An ra Huế giúp nhà Chúa mở xưởng đúc vũ khí đạn dược. Jean De La Croix cần có nơi hành lễ hàng tuần và sau đó nhà thờ Cơ đốc giáo đầu tiên xuất hiện trên đất Huế.
Năm 1631, Chúa lập ra sở đúc súng đại bác, mở trường bắn, trường tập voi, tập ngựa, cứ hằng năm luyện tập để phòng bị chiến tranh.

Hành chính

Chúa Phúc Nguyên đã tiến hành cải tổ lại bộ máy hành chính. Lãnh thổ được chia theo Thừa Tuyên hay Xứ, phân thành Chính Dinh, Dinh ngoài. Dưới dinh là các phủ huyện. Được chia ra 7 dinh: Chính Dinh (Phú Xuân), Cựu Dinh (Ái Tử – Quảng Trị), Quảng Bình, Vũ Xá, Bố Chính, Quảng Nam và Trấn Biên.
Mỗi dinh có thể coi như một tỉnh hiện nay. Hành chính có chức quan lưu thủ đứng đầu, quân sự thì có chức quan tuần thủ chỉ huy.

Quan chế

1 năm sau khi lên ngôi Chúa (năm 1614), Nguyễn Phúc Nguyên quyết định bãi bỏ Đô ty, Thừa ty, Hiến ty, là thiết chế quân sự của hệ thống chính quyền nhà Lê.
Trong các năm 1614 và 1615, ông tổ chức lại việc cai trị, đặt ra tam ti tại Chính dinh và các chức lệnh sử để trông coi mọi việc, định qui chế các chức vụ ở phủ, huyện, phân chia ruộng đất ở thôn xã 
Tam-ti là: Xá sai ti, Tướng thần lại ti, Lệnh sử ti.

• Xá sai ti: giữ việc từ tụng văn án. Có quan Đô tri, Ký lục làm đầu.
• Tướng thần lại ti: giữ việc thu tiền thu thuế, chi phát lương thực cho quan các đạo. Có quan cai bạ làm đầu.
• Lệnh sử ti: giữ việc tế tự, tết nhất và việc chi cấp lương cho quân ở Chính Dinh. Có quan Nha úy làm đầu.
• Mỗi ti lại có quan 'Cai hợp', 'Thủ hợp' và các lại ti để làm mọi việc.

Bên cạnh đó còn các ty Nội Lệnh sử kiêm coi các thứ thuế, Tả Lệnh sử và Hữu Lệnh sử chia nhau thu tiền sai dư ở hai xứ về nộp Nội phủ.
Tại các dinh ở ngoài, tuỳ theo từng nơi, có nơi Chúa chỉ đặt một Lệnh sử ti kiêm cả việc Xá sai ti và Tướng thần lại ti, nhưng cũng có nơi đặt hai ti là Xá sai ti và Tướng thần lại ti, có nơi thì đặt Xá sai ti và Lệnh sử ti để coi việc quân dân, đinh điền, sổ sách, từ tụng, thuế khóa... nghĩa là tùy nơi quan trọng hay là không, mà thêm bớt quan viên.
Đầu năm 1615, các quy chế mới về chức trách và quyền hạn của các phủ, huyện được ban hành. Theo quy chế này thì ở phủ huyện, Tri phủ, Tri huyện coi việc từ tụng; các thuộc hạ thì có: Đề lại, Thông lại chuyên việc tra khám. Huấn đạo, Lễ sinh chuyên việc tế tự ở chỗ sở tại. Còn việc thu thuế thì đặt quan khác để coi về việc ấy.
Về đàng quan võ thì đặt chức: chưởng đinh, chưởng cơ, cai cơ, cai đội để coi việc binh.
Quan lại ở Bắc Bổ được bổ vào xứ Thuận Quảng cho đến khi chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên không chịu nộp thuế cho nhà Lê.

Chiến tranh với quân Trịnh

Năm 1600, Nguyễn Hoàng sau khi từ Bắc trở về Thuận Hóa đã quyết tâm đẩy mạnh xây dựng chính quyền độc lập. Tuy vẫn giữ quan hệ hoà hiếu với chính quyền Lê-Trịnh, hàng năm vẫn nộp thuế má, Nguyễn Hoàng đã tạo những cơ sở bước đầu tuy vẫn còn hết sức mong manh. Đây chính là điều ông trăn trở nhất và cũng là sự uỷ thác cao nhất cho người kế nhiệm Nguyễn Phúc Nguyên trước lúc qua đời.

"Làm con phải hiếu, làm tôi phải trung. Anh em trước hết phải thân yêu nhau. Mày mà giữ được lời dặn đó thì ta không ân hận gì."

"Đất Thuận Quảng phía Bắc có núi Hoành Sơn và sông Gianh hiểm trở, phía nam ở núi Hải Vân và núi Đá Bia vững bền. Núi sẵn vàng sắt, biển có cá muối, thật là đất dụng võ của người anh hùng. Nếu biết dạy dân luyện binh để chống chọi với họ Trịnh thì đủ xây dựng cơ nghiệp muôn đời. Ví bằng thế lực không địch được, thì cố giữ vững đất đai để chờ cơ hội, chứ đừng bỏ qua lời dặn của ta" 

Thực hiện di nguyện của cha, Nguyễn Phúc Nguyên đã từng bước xây dựng lực lượng nhằm ly khai hẳn với triều đình Lê-Trịnh. Cuộc chiến đầu tiên năm 1627 mở đầu cho 7 cuộc đại chiến kéo dài 45 năm giữa 2 chính quyền Trịnh- Nguyễn.

Cuộc chiến đầu tiên 1627

Năm 1620, Chúa Phúc Nguyên ngừng nộp thuế cho chính quyền Lê-Trịnh đàng ngoài  Năm 1624, nhân khi nhà Minh đang chống chọi với nhà Thanh, và nhà Mạc ở Cao Bằng bị diệt, Chúa Trịnh Tráng mới sai quan vào Thuận Hóa đòi tiền thuế từ ba năm về trước  Chúa Sãi tiếp sứ nhưng không chịu nộp thuế. Chúa Trịnh lại sai sứ mang sắc vua Lê vào dụ Chúa Sãi cho con ra chầu, và đòi nộp 30 con voi cùng 30 chiếc thuyền để đưa đi cống nhà Minh. Chúa Sãi không chịu.
Chúa Trịnh thấy vậy, bèn quyết ý đánh họ Nguyễn. Tháng 3 năm 1627, sai Nguyễn Khải và Nguyễn Danh Thế đem 5000 quân đi làm tiên phong vào đóng ở xã Hà Trung (tục gọi là Cầu Doanh), còn Chúa Trịnh Tráng thống lãnh 20 vạn đại quân thủy bộ, hai đạo tiến vào hội binh ở cửa Nhật Lệ.
Chúa Sãi cử các tướng Nguyễn Hữu Dật, Nguyễn Phúc Vệ và Nguyễn Phúc Trung đón đánh.
Quân Trịnh chủ động tấn công nhưng không chọc thủng được tuyến phòng thủ của quân Nguyễn. Phía Nguyễn có lợi thế là đại bác kiểu Bồ Đào Nha nên làm quân Trịnh sợ chạy dạt. Hai tướng Trịnh là Nguyễn Khải và Lê Khuê đều thua chạy.
Trong lúc hai bên tiếp tục giằng co thì tướng Nguyễn Hữu Dật phao tin ở miền Bắc, Trịnh Gia và Trịnh Nhạc mưu phản. Chúa Trịnh Tráng nghi ngờ vội rút quân về bắc.
Năm 1630, Chúa Sãi đã làm theo kế của Đào Duy Từ trả lại sắc cho vua Lê - chúa Trịnh  và khuyên nên đánh lấy đất Nam Bố Chính để lấy sông Gianh làm biên giới phòng thủ tự nhiên (09-1630).

Cuộc chiến thứ hai 1633

Khi quân Trịnh thu quân, Chúa Sãi theo kế của Đào Duy Từ gấp rút xây lũy Trường Dục (lũy Thầy) để phòng thủ.
Năm 1631, con trưởng của Sãi vương là Nguyễn Phúc Kỳ qua đời, con thứ hai là Nguyễn Phúc Lan được làm Thế tử, con thứ tư là Nguyễn Phúc Anh ra thay Kỳ trấn giữ Quảng Nam. Anh bất mãn vì không được lập làm thế tử, cho nên mưu thông đồng với chúa Trịnh, bèn viết thư hẹn làm nội ứng cho Trịnh Tráng.
Năm 1633, Thanh Đô Vương Trịnh Tráng rước vua Lê đem binh nam tiến lần thứ hai, đóng ở cửa Nhật Lệ như trước. Sãi vương cử Nguyễn Hữu Dật, Nguyễn Hữu Tiến làm tướng ra đánh. Chúa Trịnh đang đợi suốt hơn 10 hôm không thấy hiệu làm nội ứng của Phúc Anh thì bị quân Nguyễn đánh úp, quân Trịnh hoảng loạn tan vỡ bỏ chạy. Thanh Đô Vương rút về bắc, để lại con rể là Nguyễn Khắc Liệt trấn thủ châu Bắc Bố Chính.

Hội An

Nhà Chúa Nguyễn Đàng Trong đã chú trọng phát triển ngoại thương, tận dụng ưu thế địa lý, yếu tố chính trị như nằm trên lối ra vào giao thương đường thủy Đông Á với phương Tây, Mạc Phủ Nhật Bản phải dùng Châu Ấn Thuyền để qua đây giao dịch mua bán hàng hoá (do nhà Minh cấm mua bán với Nhật Bản).
Chúa Nguyễn đã lập ở Hội An 1 hệ thống hành chính hoạt động rất hiệu quả (đặt tại Dinh trấn Thanh Chiêm) cách Hội An khoảng 10 km. Chính sách định cư lúc đó thoáng hơn cả. Người Nhật, người Hoa được định cư lâu dài, được lập phố riêng, gọi là phố Khách, phố Nhật. Thậm chí người Nhật, người Hoa được lập khu hành chính riêng, tự quản. Năm 1618, vị thị trưởng phố Nhật ở Hội An đầu tiên được Chúa Nguyễn công nhận là một chủ tàu kiêm nhà buôn tên là Furamoto Yashiro. Trong 19 địa điểm người Nhật đến buôn bán thì có 4 nơi họ được lập phố riêng.
Giáo sĩ Christoforo Borri đã cư trú tại Hội An năm 1618 miêu tả đô thị:

Hải cảng đẹp nhất, nơi tất cả người ngoại quốc đều tới và cũng là nơi có hội chợ danh tiếng chính là hải cảng thuộc tỉnh Quảng Nam...

"Thành phố rộng rãi, có thể nhận ra hai khu vực, một khu vực do người Hoa ở, khu vực kia thì người Nhật Bản ở"

"Người Hoa và Nhật Bản là những thương nhân chủ yếu của chợ phiên, năm nào cũng mở và kéo dài trong bốn tháng. Người Nhật thường đem lại 4, 5 vạn nén bạc, người Trung Hoa thì đi một thứ thuyền buồm đem lại nhiều tơ lụa tốt và sản vật đặc biệt của họ".

"Do chợ này mà Quốc vương thu được số tiền thuế lớn, toàn quốc nhờ vậy cũng được nhiều lợi ích".

Đối ngoại

Lan Xang

Tháng 4, năm Tân Dậu (1621), bọn thổ mục Lục Hoàn (tức Lạc Hòn) thuộc Lan Xang thả quân qua sông Hiếu sang cướp bóc ở biên thùy, Sãi vương sai Tôn Thất Hòa đi đánh.
Hòa chia quân phục ở các đường trọng yếu, sai những lái buôn mua bán để nhử. Quả nhiên quân Man đến cướp nhưng bị phục binh bắt được hết đem về. Chúa muốn lấy ân tín vỗ về người đất xa, bèn sai cởi hết trói và thả về nên làm người Man cảm phục, từ đấy họ không quấy nhiễu nữa 

Chân Lạp

Về cuộc Nam tiến, Chúa Sãi dùng chính sách hoà bình với Chân Lạp (Campuchia). Năm 1620, ông chấp nhận lời hỏi cưới con gái ông của quốc vương Chân Lạp là Chey Chetta II, gả con gái là Ngọc Vạn cho Chey Chettha II . Chey Chetta II đã xin chúa viện trợ vũ khí và quân đội để chống lại sự đe dọa của Xiêm La (Thái Lan). Trên thực tế thì Chúa Sãi đã chuẩn bị vũ khí và mộ binh giúp vua Chân Lạp, cung cấp cho ông này thuyền chiến và quân binh để cầm cự chống Xiêm 
Chúa Sãi hai lần giúp con rể Chey Chetta II đẩy lui quân Xiêm sang xâm lược. Giáo sĩ người Ý tên Christoforo Borri ở Quy Nhơn đã nhìn thấy viện binh từ Đàng Trong tiến sang Cao Miên, nên đã ghi lại trong cuốn Hồi ký của mình (xuất bản năm 1631) như sau:

Chúa Nguyễn luôn luyện tập binh sĩ và gởi quân đội giúp vua Cao Miên, tức chàng rể chồng của con chúa. Chúa viện trợ cho vua Cao Miên thuyền bè, binh lính để chống lại vua Xiêm.. 

Năm 1623, một sứ bộ Đàng Trong được cử tới Oudong, đem theo thư cùng nhiều tặng phẩm để tỏ tình thân hữu và bảo đảm sự ủng hộ của triều đình chúa Phúc Nguyên, và đã thương lượng thành công với vua Chey Chettha II, được chấp thuận nhượng vùng đất Mô Xoài  lập 2 thương điểm (đồn thu thuế) là Kas Krobei và Prei Nokor  để tiến hành thu thuế.
Triều đình Đàng Trong còn phái tướng lĩnh đem quân đóng đồn binh ở Prei Nokor để bảo vệ lưu dân người Việt làm ăn, buôn bán, khai hoang và đồng thời giúp chính quyền Chân Lạp gìn giữ trật tự. Khi Chey Chetta II mất, vùng đất từ Prei Nokor trở ra Bắc đến biên giới Chiêm Thành (tức là Sài Gòn, Biên Hòa, Bà Rịa ngày nay) đã có nhiều người Việt đến ở và khai thác đất đai 

Chăm Pa

Năm 1629, lưu thủ Phú Yên là Văn Phong liên kết với người Chăm Pa nổi lên chống lại chúa Nguyễn .
Địch đã tập kết binh lực tại các căn cứ trên đất Kauthara (Bắc Khánh Hòa ngày nay) gần khu vực biên thùy tiếp giáp phủ Phú Yên của Đàng Trong, đại quân hai đường thủy bộ khẩn trương xuất kích.
Lũy Choại  nằm ở bờ Nam sông Đà Diễn  là một trong những tiền đồn kiên cố quân Nguyễn dựng lên từ thời Lương Văn Chánh mà cánh quân bộ của Chăm Pa phải dùng đại bác Bồ Đào Nha và voi chiến để vượt qua. Còn đoàn chiến thuyền sau khi tập kích yểm trợ bộ binh vượt sông ở cửa sông Đà Diễn, đã nhanh chóng tiến lên phía Bắc vào cửa biển Bà Đài. Tại đây, Văn Phong và lực lượng nội ứng của ông ta nhận được sự tiếp chiến của đại quân người Chăm, đã làm chủ phủ lỵ Hội An nằm kề trên bờ vịnh. Phủ Qui Nhân phía Bắc núi Cù Mông đặt trong tình trạng khẩn cấp, huy động binh thuyền ra cửa Thi Nại chặn đường tiến của hạm đội Chăm Pa và Văn Phong.
Tin Văn Phong làm phản về đến dinh Chúa. Do quân Trịnh có thể đánh bất cứ lúc nào, nguy cả mặt trên và dưới nên buộc Chúa Sãi phải tạm nhận sắc phong của sứ giả triều đình Lê – Trịnh và nhận lệnh chỉ ra Đông Đô đánh quân Mạc.
Chúa Sãi cử Phó tướng Nguyễn Hữu Vinh đem quân dẹp yên, và đổi phủ Phú Yên thành dinh Trấn Biên .
Quân Trịnh đã không mở cuộc tấn công như mật tin tình báo, sau vài trận giao tranh thăm dò, nhận thấy binh lực đối phương có phần áp đảo, Văn Phong điều đình với các tướng lĩnh Chăm, để bảo toàn lực lượng đã cho quay về phòng thủ tại phía Nam dãy Đại Lĩnh. Văn Phong đã mang theo những thủ lĩnh, lãnh chúa địa phương mà ông hợp tác và đội quân do ông tập hợp được về với Chăm Pa cùng nhiều kho tàng, của cải.
Từ cuối thế kỷ 16, người Chăm phát triển ngoại thương rất mạnh, thường buôn bán với người Trung Hoa, Hà Lan, nhất là Bồ Đào Nha ở Ma Cao. Thương thuyền Bồ Đào Nha hay ghé buôn bán trao đổi với người Chiêm ở hải cảng Cam Ranh và Phan Rang. Sự liên hệ này khiến chúa Sãi lo ngại người Chăm sẽ liên kết với Bồ Đào Nha, để chống lại mình.
Năm 1631, chúa gả con gái là Ngọc Khoa (có sách gọi là Ngọc Hoa) cho vua Chăm Pa là Po Rome. Cuộc hôn phối này làm quan hệ Việt - Chăm diễn ra tốt đẹp . Sự kiện này tạo sự ổn định cho Đàng Trong ở mặt phía Nam, giúp cho chúa Nguyễn có thể tập trung lực lượng để đối phó trước các cuộc tấn công của chúa Trịnh Đàng Ngoài.

Nhật Bản

Thời Chúa Phúc Nguyên giao thương Việt - Nhật càng mở mang phát triển hơn. Chúa cho người Nhật mở thương điếm tại Hội An. Chúa đích thân viết thư mời các thương nhân nước ngoài vào làm ăn tại Hội An.
Năm 1634, Chúa Sãi gửi thư cho thương gia người Nhật là Toba, ông này được Chúa nhận làm con nuôi.
Năm 1619, Chúa Phúc Nguyên gả một con gái của mình cho Araki Sutaru  - một thương nhân người Nhật làm chủ cửa hàng lớn ở Hội An, và có tàu viễn dương . Nhằm nhờ tàu của Araki đi mua kim loại, diêm tiêu từ Áo Môn, Quảng Đông và Trường Kỳ về. Nhờ vậy mà quân đội của chúa Nguyễn được trang bị rất đầy đủ và chống đỡ được các cuộc tấn công của quân Trịnh
2 ông con nuôi và con rể của Chúa Phúc Nguyên này đã cầm đầu 17 chiếc thuyền trong tổng số 84 chiếc thuyền buôn của Nhật đến Đàng Trong từ năm 1604-1635
Chúa Nguyễn cũng có 1 loạt các bức thư trao đổi về ngoại giao và thương mại với chính quyền Mạc phủ Tokugawa (Nhật Bản) thời bấy giờ. Những văn bản An Nam Quốc Thư này hiện lưu trữ tại National Archives of Japan (国立公文書館).
Từ năm 1604 đến năm 1634 (Nguyễn Phúc Nguyên được giao là Trấn thủ dinh Quảng Nam năm 1602), Mạc phủ đã cấp 130 giấy phép đến 6 cảng thuộc khu vực tương đương với Việt Nam hiện nay. Riêng cảng Hội An có 86 thuyền được cấp giấy phép chiếm 25,98% số giấy phép cấp cho toàn bộ khu vực Đông Nam Á, gấp gần 5 lần tỷ số bình quân chung trong khu vực, chiếm 66,15% số giấy phép cấp cho toàn bộ khu vực Việt Nam, gấp 6 lần tỷ số bình quân chung cho Việt Nam 

Các sự kiện khác

• Năm 1624, Chúa Nguyễn Phúc Nguyên gửi thư và tặng vật cho Toàn quyền Hà Lan ở Nam Dương (Inđônêxia) ngỏ lời mời thuyền buôn Hà Lan qua lại buôn bán với Đàng Trong.
• Cuối năm 1624, Linh mục Alexandre de Rhodes và 6 giáo sĩ dòng Tên đến Hội An. Năm 1634, Chúa Phúc Nguyên ra lệnh cấm truyền bá đạo Công giáo.
• Năm 1631-1636, các tàu biển thuộc Công ty Đông Ấn Hà Lan bị nạn tại quần đảo Hoàng Sa (thời đó gọi là Pracel) thuộc xứ Đàng Trong thời Chúa Phúc Nguyên có ghi chép như sau:

"Ngày 20 tháng 7, các tàu này rời Vịnh Đà Nẵng, ngày 21 thì gặp bão ngoài khơi, nên lạc nhau. Chiếc tàu Vin-hu-zen tới Đài Loan ngày 2 tháng 8, chiếc Scha-zen tới ngày 10 cùng tháng. Riêng chiếc Grootebroek bị đắm gần đảo Paracel ở vĩ tuyến 17° Bắc. Thương gia Jean de Sormeau cùng 8 thủy thủy đoàn đã hy sinh. Trong số hàng hóa trị giá 153.690 florins, thì số hàng hóa chìm cùng tàu là 70.695 florins. Phần còn lại được thủy thủ cứu và cất dấu nơi an toàn tại đảo. Thuyền trưởng Huijich Jansen và 12 thủy thủ đi bằng thuyền nhỏ vào duyên hải xứ Đàng Trong...

Thuyền trưởng Jansen làm báo trình về việc thuyền Grootebroek bị đắm tại Paracels và sự tịch thu 23.580 réaux bởi nhà chức trách xứ Đàng Trong.

Qua đời

Sãi vương Nguyễn Phúc Nguyên qua đời ngày 19 tháng 11, năm 1635, hưởng thọ 73 tuổi. Lăng mộ táng tại Sơn Phận, huyện Quảng Điền; sau cải táng về vùng núi Hải Cát, Hương Trà, Thừa Thiên. Tên lăng là Trường Diễn.
Con trai ông là Nguyễn Phúc Lan lên kế nghiệp, tức Thượng vương.
Nhà Nguyễn sau này đã truy phong ông miếu hiệu là Hy Tông, thụy là Hiển Mô Quang Liệt Ôn Cung Minh Duệ Dực Thiện Tuy Du Hiếu Văn hoàng đế.

Gia quyến

Sãi vương Nguyễn Phúc Nguyên có 11 công tử và 4 công nữ: 

Vợ

• Mạc Thị Giai

Công tử

1. Nguyễn Phúc Kỳ 2. Nguyễn Phúc Lan 3. Nguyễn Phúc Anh 4. Nguyễn Phúc Trung 5. Nguyễn Phúc An 6. Nguyễn Phúc Vĩnh 7. Nguyễn Phúc Lộc 8. Nguyễn Phúc Tứ 9. Nguyễn Phúc Thiệu 10. Nguyễn Phúc Vinh 11. Nguyễn Phúc Đôn

Công nữ

1. Nguyễn Phúc Ngọc Liên: Tục gọi bà là Quận Thanh. Năm 1629, bà hạ giá lấy Trấn Biên dinh Lưu thủ Phó tướng Thanh Lộc hầu Mạc Cảnh Vinh (Nguyễn Phước Vinh), con trai Khai quốc công thần Mạc Cảnh Huống, hậu duệ của Mạc Đăng Dung  Ông và bà lập ra hệ tính Nguyễn Hữu gốc Mạc, con cháu nay đổi họ Nguyễn Trường nhập tịch ở Quảng Nam. Ông bà sinh 1 con trai là Đội trưởng Toàn Trung hầu Nguyễn Phước Tao. 2. Nguyễn Phúc Ngọc Vạn (Tống Sơn quận chúa thụy Từ Hoan pháp hiệu Diệu Đức). 3. Nguyễn Phúc Ngọc Khoa 4. Nguyễn Phúc Ngọc Đỉnh (1608-1684): Năm 1623, bà hạ giá lấy Nghĩa quận công Nguyễn Cửu Kiều (1599-1656), con trai của Thượng tướng Nguyễn Quảng triều hậu Lê, bà sinh 5 con trai: 1.Vỵ Xuyên hầu Nguyễn Cửu Thiên, 2.Duyên Lộc hầu Nguyễn Cửu Duyên, 3.Trấn quận công Nguyễn Cửu Ứng, 4.Dực Đức hầu Nguyễn Cửu Kế, 5.Cẩm Long hầu Nguyễn Cửu Thân. Khi mất bà được ban thụy là Từ Thục. Ông và bà lập ra hệ tính Nguyễn Cửu.

• 5. Nguyễn Phúc Ngọc Hoa: Con gái nuôi của chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên, sau được gả cho Araki Soutaro(荒木宗太郎) của Nhật Bản. Câu chuyện về hai người trở thành 1 truyền kì nổi tiếng ở Nagasaki.

Nhận định

Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên là nhân vật có vai trò then chốt trong cuộc nội chiến Trịnh- Nguyễn. Một cuộc nội chiến ác liệt, kéo dài và không phân thắng bại; nó tiêu huỷ sức người, sức của, triệt phá đồng ruộng xóm làng và dẫn đến chia cắt sự thống nhất của quốc gia Đại Việt. Nhưng chế độ Đàng Trong của chúa Nguyễn đã thực thi những chính sách cai trị cách tân, khác với Đàng Ngoài, lúc đó đang theo xu hướng hoài cổ Nho giáo thời Lê sơ, kìm hãm sự phát triển của xã hội. Về mặt khách quan cuộc nội chiến có lợi cho xu thế phát triển của lịch sử dân tộc.
Ông đã tạo nên 1 nền ngoại thương hàng hải mạnh, với thương cảng Hội An trở thành thương cảng chính không chỉ của Đàng Trong mà trên toàn khu vực tương đương với Việt Nam và Đông Nam Á hiện nay.
Ông là vị chúa đầu tiên xây dựng cơ nghiệp Đàng Trong của nhà Nguyễn với ý chí cương quyết, tạo nên một xứ Đàng Trong độc lập, tự chủ. Ông đã chỉnh đốn việc cai trị, củng cố quốc phòng, biết dùng người tài để chăm lo việc nước nên nhân dân được an cư lạc nghiệp. Ngoài ra, ông còn đẩy lui được các cuộc tấn công của chúa Trịnh ở Đàng Ngoài. 

Nguyễn Phúc Lan

Thân thế

Nguyễn Phúc Lan là con trai thứ hai của chúa Nguyễn Phúc Nguyên, mẹ là Mạc Thị Giai (Con gái của tướng Mạc Kính Điển, hoàng thân nhà Mạc).
Lúc đầu, ông được phong chức Phó tướng Nhân Lộc Hầu.
Năm Tân mùi (1631), công tử trưởng Phúc Kỳ mất, ông được lập làm Thế tử.
Năm Ất hợi (1635), chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên qua đời, ông vâng lời di chúc, các quan tôn ông làm Tiết Chế Thủy Bộ Chư Dinh kiêm Tổng Bình Chương Quân Quốc Trọng Sự Thái Bảo Nhân Quận Công.
Lúc ấy ông đã 35 tuổi. Thời bấy giờ gọi là Chúa Thượng.

Điều hành Đàng Trong

Em trai của ông là Nguyễn Phúc Anh đang là Trấn thủ Quảng Nam, nghe tin anh lên ngôi liền bí mật đầu hàng chúa Trịnh, cho đắp lũy Cu Đê để cố thủ, bày thủy quân ở Đà Nẵng chống lại chúa. Chúa cho mời chú của mình là Tường Quận công Nguyễn Phúc Khê vào bàn. Ông Khê cứng rắn, quyết đánh không nhân nhượng, xin ông đặt phép nước lên tình nhà rồi cùng Nguyễn Phúc Yên kéo quân vào đánh, bắt được Anh, lấy nghĩa Anh em là tình riêng, phép nước là nghĩa lớn, rồi đem giết đi.
Tháng 6 năm 1640, quân Nguyễn lấy được Bắc Bố Chính . Nhưng sau đó chúa Trịnh Tráng gửi phục thư nói về tình nghĩa lâu đời và xin trả lại Bắc Bố Chính, chúa Phúc Lan thuận trả cho.
Sau giai đoạn này, chúa Nguyễn có phần bỏ bê chính sự, chăm vui chơi yến tiệc, xây dựng cung thất nhưng nhờ có lời can gián của quan nội tán Vân Hiên Hầu mà tỉnh ngộ.
Tháng 5 năm 1942, Chúa cho dựng thao trường để rèn thủy quân tại xã Hoằng Phúc  kỳ tháng 7 hằng năm.

Dời thủ phủ

Qua năm sau (1636), ông cho dời phủ từ làng Phước Yên (Quảng Điền, Thừa Thiên) qua làng Kim Long (Hương Trà, Thừa Thiên). Phủ Kim Long rộng rãi, cảnh trí xinh đẹp, phủ Chúa và nhà quan lại còn lan ra các làng chung quanh. Kim Long đã mang lại nhiều lợi ích cho nền thương mại trong thời. Các thuyền buôn từ Hội An, Trung Hoa ghé Thuận An đi dọc theo sông Hương lên Huế. Nhờ đó mà phẩm vật của người Âu và Trung Hoa (tơ sống, thuốc Bắc, bút chì...đều được mang bán tại Huế. Khách phương xa ghé đến Kim Long không khỏi ngạc nhiên khí thấy cảnh tượng huy hoàng của phủ Chúa và các nhà quan lại. Mỗi khi ông ngự đi đâu đều có hơn hai nghìn thị vệ theo hầu, tiền hô hậu ủng, cờ xi rợp trời, oai vệ khác thường 
Thấy tình hình xứ Thuận Quảng ổn định, Chúa Thượng cho mở khoa thi (1647) chính đồ và Hoa văn để tuyển chọn nhân tài ra cứu giúp nước.
Về quan chế, giống thời Chúa Sãi tiền nhiệm, nhưng lại đặt thêm chức nội tả, ngoại tả, nội hữu, ngoại hữu, gọi là tứ trụ để giúp chúa trị dân.
Năm 1646, ông sai tổ chức khoa thi Chính đồ và Hoa văn nhằm tuyển chọn nhân tài (đây là khoa thi đầu tiên của Đàng Trong).

Thi cử

Tháng 8 năm thứ 12 (1647), chúa Phúc Lan bắt đầu mở khoa thi  lấy 7 người trúng chính đồ, 24 người trúng hoa văn, đều được bổ dụng.
Định phép thi 9 năm một kỳ. Ra lệnh cho các học trò về khoa chính đồ và khoa hoa văn đều đến công phủ để ứng thi.

• Chính đồ thi 3 ngày: Ngày thứ nhất thi tứ lục. Ngày thứ hai thi thơ phú. Ngày thứ 3 thi văn sách

Lấy văn chức, tri phủ, tri huyện làm sơ khảo; cai bạ, ký lục, nha úy làm giám khảo; nội tả, nội hữu, ngoại tả, ngoại hữu làm giám thí.

Người thi trúng thì làm danh sách đẻ tiến lên, định làm 3 hạng giáp, ất, bính.

Hạng giáp là giám sinh, bổ tri phủ tri huyện; hạng ất làm sinh đồ, bổ huấn đạo; hạng bính cũng làm sinh đồ, bổ lễ sinh hoặc cho làm nhiêu học mãn đại.

• Hoa văn thi 3 ngày, mỗi ngày đều viết một bài thơ. Người trúng cũng chia làm 3 hạng, bổ làm việc ở ba ty Xá sai, Lệnh sử và Tướng thần lại và cho làm nhiêu học.

Vụ Tống Thị

Tống Thị là vợ của trấn thủ Quảng Nam Nguyễn Phúc Kỳ, người con trưởng đột ngột qua đời (22-7-1631) của Chúa Sãi Phúc Nguyên.
Tống Thị tới phủ Kim Long gặp Chúa, nhân việc đó mà đem tình trạng đau khổ của mình ra than vãn, lại còn đem một chuỗi ngọc bách hoa dâng lên. Vì xinh đẹp, khéo ứng đối nên chúa thương tình, cho được ra vào cung phủ. Thị thần cũng có người can nhưng Chúa không nghe 
Tham vọng của bà Tống Thị rất lớn, không thể trở thành chính phi thì phải trở thành chủ của kho báu mới được. Nhờ vào địa vị của mình với Chúa, bà ra tay làm giàu bằng cách nhận hối lộ của những kẻ luồn cúi cầu cạnh, thẳng tay bóc lột đám dân đen.
Bá quan trong phủ Chúa và nhân dân rất căm phẫn, có người quyết chí phải giết cho bằng được Tống Thị mới thôi. Tống Thị sợ, bèn nhân có cha là Tống Phước Thông đang được Trịnh Tráng tin dùng, Tống Thị bí mật gởi thư xin Trịnh Tráng cất quân. Tống Thị hứa đem gia tài giúp vào việc quân. Tráng nhận thư, liền bàn việc xâm lấn Đàng Trong.
Năm 1643, quân Trịnh vào Nam nhưng không thu được thắng lợi gì, Tống Thị cũng may mà không bị chúa Nguyễn Phúc Lan trị tội.
Tháng 4 năm 1654, vào đời vua sau là Nguyễn Phúc Tần, Tống Thị lại phạm tội một lần nữa. Nguyên trước kia, khi Tống Thị làm chuyện chẳng hay với Chúa Thượng. Quan Chưởng cơ Nguyễn Phúc Trung (em ruột Chúa Thượng) muốn giết đi, Tống Thị sợ quá bèn tìm cách chiều chuộng Trung, rốt cuộc 2 người tư thông với nhau. Nghe lời Tống Thị, Tôn Thất Trung tính làm chuyện phản nghịch để đoạt ngôi chúa. Cơ mưu bị bại lộ, Tôn Thất Trung bị tống giam còn Tống Thị thì bị xử tử, gia sản to lớn bị tịch thu. 

Hà Lan

Sự vụ tàu Hà Lan Grootebroek bị đắm năm 1634 tại quần đảo Hoàng Sa, thuyền trưởng Huijich Jansen và 12 thủy thủ đi bằng thuyền nhỏ vào duyên hải xứ Đàng Trong để trình báo sự việc và bị tịch thu 23.580 réaux bởi nhà chức trách xứ Đàng Trong thời Chúa tiền nhiệm Phúc Nguyên. Hai năm sau, dưới thời Chúa Thượng Phúc Lan, ngày 6 tháng 3 năm 1636, 2 tàu Hà Lan khác tới Đà Nẵng. Thương gia Abraham Duijeker tiến về Hội An để gặp quan Trấn thủ; sau đó ông ta đi Thuận Hóa yết kiến Chúa Thượng, để xin giao thương, đặt thương điếm và đòi số tiền 23.580 réaux đã bị tịch thu năm kia.
Để bù vào sự thiệt thòi đó, Chúa Thượng chấp thuận cho người Hà Lan được tự do giao thương với xứ Đàng Trong, và miễn cho họ sắc thuế neo bến và các tặng phẩm. Vì lẽ đó mà từ năm 1636, một thương điếm của người Hà Lan đã được thiết lập tại Hội An, do Abraham Duijeker làm Trưởng Thương điếm.
Bắt đầu từ năm 1641, tàu chiến của Hà Lan liên tục cướp phá, quấy rối và hăm he tấn công Đàng Trong. Tháng 11 năm 1641, 2 con tàu của Hà Lan bị quân đội chúa Nguyễn đánh đắm gần bờ biển đảo Cù Lao Chàm do xâm phạm lãnh hải. 82 người lính Hà Lan bị chúa Nguyễn bắt giam ở Hội An và Chúa Nguyễn đã tịch thu cả hai con tàu đó.
Tháng 5 năm 1642, Công ty Đông Ấn Hà Lan cử nhiều tàu chiến đi lùng bắt dân chúng, cướp bóc, đốt phá ở khu vực duyên hải miền Trung.
Tháng 6 năm 1643, theo đề nghị của chúa Trịnh, ba tàu chiến Hà Lan là Wojdenes (De Wijdeness), Waterhond và Vos tiến vào cửa Thuận An đánh chúa Nguyễn. Thế tử Nguyễn Phúc Tần chưa được lệnh của cha đã chỉ huy khoảng hơn 50 tàu đột kích bất ngờ. Tàu đô đốc Wijdenes, là chiếc nặng nhất và chậm nhất trong số 3 tàu đó, bị bốn thuyền chèo tay đuổi kịp, đánh gãy mất bánh lái, đánh đổ cột buồm và bám vào hai bên mạn tàu; viên thuyền trưởng Pieter Baek không hy vọng chạy thoát được nữa, cho châm lửa vào kho thuốc súng và tự đốt cháy tàu, Pieter Baek và nhiều thủy thủ đã bị chết. Hai chiếc tàu kia, theo lời của Jean Gobyn, phải rất chật vật mới tìm được một chỗ trú ở đảo Ngọc (Ile de Perles) 
Sau trận này, Công ty Đông Ấn Hà Lan không còn gởi tàu bè đến Đàng Trong.

Chiến tranh với quân Trịnh

Cuộc chiến thứ ba 1643

Tháng 2 năm 1643, Chúa Trịnh Tráng sai quân đánh chiếm Nam Bố Chính. Chúa Trịnh cử hai con là Tạc và Lệ đi tiên phong, cùng các tướng Phạm Công Trứ, Nguyễn Danh Thọ, Nguyễn Quang Minh.
Quân Trịnh ồ ạt tiến công giết chết tướng quân Nguyễn là Bùi Công Thắng, chiếm được Nam Bố Chính, tiến lên đóng ở cửa Nhật Lệ.
Sau khi hai con ra quân được một tháng, chúa Trịnh rước vua Lê Thần Tông cùng đi nam chinh, đóng quân ở xã An Bài (thuộc Bắc Bố Chính.
Tháng 4, quân Trịnh đánh lũy Trung Hòa. Hai bên đối trận chưa phân thắng bại, gặp lúc mùa hè, khí hậu oi bức, quân Trịnh bị bệnh nhiều nên chúa Trịnh đành ra lệnh lui quân.

Cuộc chiến thứ tư 1648

Tháng 2 âm lịch năm 1648, Trịnh Tráng sai Tiến Quận Công Lê Văn Hiểu khởi binh nam tiến lần thứ tư, dẫn bộ binh tiến lên đóng ở đất Nam Bố Chính, còn thủy quân đánh cửa Nhật Lệ.
Quân Nguyễn do Hoành Lễ chỉ huy cự chiến thua chạy, cầu viện với trấn thủ Nguyễn Phúc Kiều. Phúc Kiều sai Nguyễn Triều Văn đem chiến thuyền ra cứu viện, nhưng Triều Văn không dám tiến mà đậu lại ở Hạc Hải. Quân Trịnh bèn tiến đánh dinh Quảng Bình.
Cai đội Trương Triều Lương và Trương Triều Nghị đốc suất đồn binh hơn 400 người cố đánh bị chết.
Quân Trịnh tiến đóng đồn ở xã Võ Xá. Trấn thủ Bố Chính Trương Phúc Phấn cố thủ ở lũy Trường Dục, quân Trịnh đánh tợn mà không hạ được.
Chúa Phúc Lan và thế tử Phúc Tần mang quân cứu viện ra Quảng Bình. Chúa Phúc Lan thân đốc đại binh, đóng trại ở xã Trung Chi , thủy quân phục sẵn ở sông Cẩm La, sai Nguyễn Hữu Tiến mang 100 con voi đánh úp quân Trịnh lúc nửa đêm, quân bộ tiếp sau vào đánh phá. Quân Trịnh thua lớn, bị thủy quân Nguyễn chặn đánh chạy đến tận sông Lam mới thôi.
Tháng 3 năm 1648, quân Nguyễn định vượt sông Gianh đánh ra Bắc Bố Chính thì nghe tin chúa Nguyễn ngã bệnh chết trên thuyền trên đường về Thuận Hóa nên phải lui binh.
Chúa Trịnh Tráng thấy quân mình thua, sai Lê Văn Hiểu cùng với Trần Ngọc Hậu lĩnh một vạn quân đóng ở Hà Trung, Lê Hữu Đức cùng với Vũ Lương đóng ở Hoàng Sơn, Phạm Tất Toàn đóng ở đất Bắc Bố Chính để phòng giữ quân họ Nguyễn.
Trận ấy quân họ Nguyễn bắt được mấy người tướng và 3.000 quân của họ Trịnh  Số quân bị bắt này được chúa kế nhiệm Phúc Tần đem vào Quảng Bình khẩn hoang và được chia cho các địa phương từ Thăng, Điện đến Phú Yên, cứ 50 người làm một ấp, cấp cho lương ăn nửa năm, lại cho họ được khai thác mối lợi ở núi, đầm phá và ra lệnh cho nhà giàu bỏ thóc cho họ vay. Từ đó mà làng xóm mọc lên liền nhau, quân số và ngân sách được tăng thêm.

Đối ngoại

• Năm 1631, chúa Thượng cấm không cho người Tây vào giảng đạo ở trong nước.

Qua đời

Cuộc chiến lần thứ 4 với quân Trịnh, Chúa Phúc Lan đã phải tự cầm quân ra hỗ trợ. Sau Chúa thấy trong người không được khoẻ, mới trao binh quyền cho con trai là Nguyễn Phúc Tần và tướng Nguyễn Hữu Dật chỉ huy còn mình thì rút về. Ðến phá Tam Giang thì Chúa mất, hưởng thọ 48 tuổi.
Lăng mộ táng tại làng Chiêm Sơn, gò Cốc Hùng, Quảng nam. Tên lăng là Vĩnh Diên 
Con trai ông là Nguyễn Phúc Tần lên kế nghiệp, tức Hiền vương.
Nhà Nguyễn sau này đã truy phong ông miếu hiệu là Hy Tông, thụy là Thần Tông, thụy là Thừa Cơ Toàn Thống Quân Minh Hùng Nghị Uy Đoán Anh Vũ Hiếu Chiêu hoàng đế.

Gia quyến

Sãi vương Nguyễn Phúc Nguyên có 3 công tử và 1 công nữ: 

Vợ

• Đoàn Thị Ngọc

Công tử

• 1. Nguyễn Phúc Vũ
• 2. Nguyễn Phúc Tần
• 3. Nguyễn Phúc Quỳnh

Công nữ

• 1. Khuyết danh