Những  tài liều thu thập được tại nhà Chambers cùng với những bản thảo của vợ Hiss được soạn trong thời gian có liên quan đã được gửi đến phòng giám định FBI để đối chiếu. Kết quả đúng như mong đợi của Nixon, tất cả đều được soạn thảo từ một chiếc máy đánh chữ hiệu Woodstock.
Khoảng 250 nhân viên điều tra của chính phủ đã được giao nhiệm vụ tìm kiếm chiếc máy cũ này ở khắp 45 thành phố. Mặc dù không tìm thấy chiếc máy đánh chữ những kết quả giám định đã đủ bằng chứng để mở một phiên tòa.
Tuy nhiên, trong vụ này, những người ủng hộ Chambers ở trong tình thế khó khăn. Nếu những bằng chứng có được đủ để chứng mình Hiss đã từng hoạt động như một gián điệp của Liên Xô thì chúng cũng chứng minh Chambers từng là một gián điệp. Còn nếu Hiss không phản bội lại  Mỹ thì Chambers sẽ bị truy tố trong trường hợp này. Họ cần có những tác động mạnh tới phía công tố viên để mục đích cuộc điều tra chỉ tập trung chống lại Hiss. Dù kết quả thế nào, Hiss vẫn có thể là mối đe dọa đối với Hoa Kỳ.
Trong thời gian này, một số chuyện ngoài mong đợi đã xảy ra đối với gia đình Chambers. Nó không liên quan đến quá trình hoạt động chính trị của Chambers nhưng khiến Chambers không còn quan tâm nhiều đến chuyện của Hiss.
Esther, vợ Chambers, lái xe đâm phải một cụ bà bị điếc đã 70 tuổi khi bà đang cố gắng sang đường.  Gia đình bà cụ này đã đệ đơn kiện. Esther bị bắt, bị kết tội ngộ sát và lái xe thiếu thận trọng.  Tuy  vụ việc được giải quyết nhanh chóng nhưng Esther đã bị khủng hoảng tinh thần trầm trọng.
Trong phiên tòa sắp tới, nêu Algers thoát đựoc án, thì những gì HUAC có được trong quá trình điều tra sẽ là “đám mây đen” đối với sự nghiệp của Hiss.
Phiên tòa đầu tiên được bắt đầu từ này 31/5/1949, kéo dài 5 tuần cho đến ngày 8/7. Tom Murphy là người phụ trách việc truy tố. Luật sư chính bảo vệ cho Hiss là Lloyd Stryker, người trợ giúp ông trong vụ này là Edward McLean. McLean đã từng học luật  tại Harvard với Hiss.
Ngay trong ngày đầu của phiên tòa, Stryker đã lên tiếng chỉ trích Chambers. Theo những điều tra của Stryker, Chambers có một lý lịch “không sạch”.
Năm 1937, Chambers đang làm việc cho chính phủ Mỹ, đã tuyên thệ trung thành với chính phủ. Tuy nhiên, Chambers đã vi phạm lời tuyên thệ, hoạt động gián điệp cho Liên Xô.
Stryker cũng chỉ ra những hành vi không lành mạnh trong cuộc sống của Chambers. Chambers đã từng lấy trộm sách của các thư viện. Sống không hôn thú với bảy phụ nữ, một trong số đó là gái mại dâm nổi tiếng ở New Orleans, cô gái này được biết đến với tên gọi “Annnie một mắt”. Chambers không theo bất kỳ tôn giáo nào, đã từng bị đuổi khỏi đại học Columbia khi viết một cuốn sách có ý bôi xấu hình tượng Chúa Kitô.
Trước những lời lẽ cố tình làm xấu đi hình ảnh của mình, Chamber vẫn điềm tĩnh trước tòa. Chambers không ngần ngại thừa nhận những gì Stryker đưa ra hay thậm chí thừa nhận việc khai man khi buộc tội Hiss với một giọng thờ ơ.
Trong phiên tòa lần này, vợ Chambers, Esther  mặc dù đang khủng hoảng về tinh thần cũng có mặt, cô còn đứng ra làm chứng cho những lời nói của chồng mình. Esther cho rằng mình biết gia đình Hiss và Priscilla.
Theo Esther, hai vợ chồng cô và con gái Ellen đã đến thăm gia đình Hiss. Khi đó Ellen còn rất bé, cô bé đã vô tình tè ướt sàn nhà Hiss, chính Priscilla đã dùng một khăn vải cũ làm tã lót cho Elllen. Esther nhớ gia đình Hiss ở Volta Place, có một căn phòng rất rộng màu hồng với rất nhiều sách và một chiếc sân  được lát gạch Tây Ban Nha.
Hiss thừa nhận gia đình mình từng sống ở Volta Palce những đã chuyển khỏi đó từ tháng 12/1937.
Bằng chứng quan trọng nhất để buộc tội Hiss đó là 4 bản ghi chú được viết tay với nét chữ của Hiss và 65 trang tài liệu được đánh máy do Chambers cung cấp.
Walter Anderson, người quản lý giấy tờ, tài liệu của Bộ ngoại giao cũng có mặt. Anderson có mang đến những tài liệu gốc được cho là đã bị sao chép đến tòa. Ông xác định những bản thảo Chambers có được sao chép từ tài liệu của Bộ ngoại giao.
Luật sư Strykers đã đưa ra những thông tin bảo vệ Hiss trong tình huống này khi nhắc đến một nhân vật có tên Julian Wadleigh. Julian Wadleigh từng làm việc cho Bộ ngoại giao Mỹ trong thời  gian Hiss bị cáo buộc.  Wadleigh đã thừa nhận mình là gián điệp hoạt động cho Liên Xô. Anh là người tiếp nhận các tài liệu của Bộ ngoại giao và chuyển chúng tới những bộ phận có liên quan. Luật sư Stryker cho rằng chính Wadleigh đã lẻn vào phòng Hiss lấy những giấy tờ quan trọng.
Rất nhiều những nhân vật nổi tiếng trong chính phủ Mỹ đã lên tiếng bảo vệ Hiss. Theo họ, Hiss là một chính khách tốt, trung thực và yêu nước. Thống đốc bang Illinois, Adlai Stevenson nhận xét Hiss là một người Mỹ trung thành và đáng tin cậy.
Công tố viên Felix Frankfurter xuất hiện tại phòng xử án, đứng ở vị trí nhân chứng bảo vệ cho Hiss. Chưa bao giờ có trong lịch sử Mỹ, một công tố viên của Tòa án tối cáo đứng ra làm chứng trong một phiên tòa hình sự.